После распада СССР около 70 участков таджикско-киргизской границы оказались спорными, из-за чего между местными жителями и пограничниками двух стран регулярно возникают стычки, в том числе с человеческими жертвами. Общая протяженность границы двух стран — 970,8 км. Процесс по делимитации и демаркации участков стартовал в 2002 году, когда была создана соответствующая межгосударственная комиссия. В конце 2000-х работы были приостановлены из-за трудностей при определении правовой основы для разграничения. В настоящее время, по заявлениям властей, описаны и уточнены 519 км границы, остальные участки остаются спорными.
С 2010 года на киргизско-таджикской границе было зафиксировано не менее 150 инцидентов. Рекордным стал 2014 год, когда произошло более 30 инцидентов, при которых погибли несколько человек. В 2015 году Бишкек и Душанбе договорились активизировать процесс делимитации. В районе неописанных участков границы действует запрет на строительство, однако стороны регулярно обвиняют друг друга в его нарушении. В марте 2019 года в ходе конфликта из-за строительства объездной автодороги в районе приграничного села Аксай погибли двое граждан Таджикистана. 22 июля в столкновениях между жителями села Аксай и таджикского анклава Ворух погиб один человек, пострадали около 30. В анклаве Ворух, окруженном территорией Киргизии, проживают около 30 тыс. этнических таджиков. 17 сентября при перестрелке на спорной территории погибли трое граждан Таджикистана и один гражданин Киргизии.