После окончания экономического факультета МГУ в 1978 году Мустафа Батдыев работал главным экономистом колхоза "Родина", инструктором и заместителем заведующего социально-экономическим отделом обкома партии. С 1992 по 1994 год — председатель госкомимущества Карачаево-Черкесии в ранге вице-премьера республиканского правительства. Оппоненты по выборам наиболее часто критиковали Мустафу Батдыева именно за этот период работы, утверждая, что по итогам приватизации в республике в госсобственности осталось менее 10% предприятий. За проведенную в те годы приватизацию его даже называют "карачаевским Чубайсом". С 1994 года — зампред правительства по экономике, с 1997 года — председатель национального банка республики. В 1999 году рассматривался как кандидат на пост временно исполняющего обязанности главы республики. Как утверждают в команде президента Семенова, это назначение активно лоббировалось главным конкурентом генерала на первых президентских выборах в Карачаево-Черкесии Станиславом Деревым. В ходе президентских выборов 2000 года Мустафа Батдыев возглавлял республиканский предвыборный штаб Владимира Путина.
