23 декабря 1992 года президент Борис Ельцин издал указ «О государственной поддержке фонда "Содружество"», поручив Госкомимущества предоставить для размещения фонда бывшие Троекуровские Палаты в Георгиевском переулке, 4.
В 1994 году памятник федерального значения оказался на огражденной режимной территории комплекса административных зданий, переданных Госдуме по указу президента.
В 1997 году палаты Троекурова были включены мэром Юрием Лужковым в перечень объектов Центрального административного округа Москвы, «на которых длительное время не ведутся ремонтно-реставрационные и реконструктивные работы». Управлению госконтроля, охраны и использования памятников Москвы, на балансе которого находится памятник, предписано расторгнуть договор с арендатором здания АО «Содружество».
В 2000 году Минкультуры и Минимущество РФ распорядились закрепить памятник в оперативном управлении подведомственного Минкультуры «Агентства по управлению и использованию памятников истории и архитектуры». Распоряжение исполнено не было.
В 2001 году Троекуровские палаты были включены постановлением мэра Юрия Лужкова в список памятников, подлежащих регистрации в собственности Москвы. Постановление было заблокировано властями РФ.
В 2002 году «в связи с обращением спикера Госдумы Геннадия Селезнева» Минимущества РФ закрепило памятник в оперативном управлении аппарата Госдумы.
В 2002 году мэр Юрий Лужков включил Троекуровские палаты в список подлежащих реставрации объектов развития туристско-рекреационной зоны «Золотого кольца Москвы» как будущий музейный объект. Проект реализован не был.
В 2003 году из федерального бюджета было выделено 30 млн руб. на реконструкцию Троекуровских палат под «представительские помещения для приемов и музей Госдумы». В 2004 году на те же цели было выделено 5,9 млн руб. Проект реализован не был.
В 2003 году мэрия вновь предложила передать Москве расположенные в Москве памятники федерального значения, в том числе Троекуровские палаты. Столичные и федеральные власти начали процесс разграничения прав собственности.
В 2009 году премьер Владимир Путин подписал постановление, по которому 178 памятников федерального значения, в том числе палаты Троекурова передавались в федеральную собственность, а 94 объекта — Москве.
В 2011 году мэр Сергей Собянин подписал распоряжение о передаче РФ земельного участка под Троекуровскими палатами.
В 2013 году Управделами президента заказало проект ремонта, реставрации и приспособления для современного использования Госдумой Троекуровских палат за 71,6 млн руб.
В 2014 году полномочия по охране памятника федерального значения «Дворец боярина Троекурова. Палаты ХVI-ХVII в.в.», которые исполняло Мосгорнаследие, были переданы Минкультуры. Ведомство утвердило предмет охраны памятника.
В 2017 году контроль за сохранением памятника был возвращен Мосгорнаследия. Депутат Госдумы от Москвы, бывший вице-мэр Владимир Ресин доложил на Совете Госдумы о планах реконструкции Троекуровских палат для размещения Комитетов Госдумы по международным делам и делам СНГ за счет Москвы. Спикер Госдумы Вячеслав Володин договорился об этом с мэром Сергеем Собяниным. 6 октября 2017 года Дмитрий Медведев распорядился безвозмездно передать Троекуровские палаты в собственность Москвы.
В 2018 году Троекуровские палаты были закреплены в оперативном управлении ГКУ «Мосреставрация». В июне 2018 года Мосгорнаследие согласовало измененный предмет охраны памятника и проект его реконструкции под офисные помещения комитетов Госдумы.