11 марта 2004 года на ГЭС-10 в Светогорске Ленинградской области произошло короткое замыкание. Станция остановилась, шлюзы стало затоплять, возникла опасность подтопления 15-тысячного города. Аварийной службой шлюзы были подняты вручную, угроза подтопления города исчезла.
12 сентября 2007 года на Новосибирской ГЭС произошел пожар на блочном трансформаторе. Нагрузка станции, которая обеспечивает электроэнергией районы Новосибирска, была снижена до нуля. На тушение пожара ушло два часа.
8 октября 2007 года из-за повреждений на линии 500 кВ Бурейской ГЭС в Хабаровске произошли веерные отключения электроэнергии. От электроснабжения были отключены отдельные предприятия и несколько десятков жилых домов. Авария была вызвана дождевым циклоном с ветром.
17 августа 2009 года в Хакасии после аварии была остановлена Саяно-Шушенская ГЭС «РусГидро» мощностью 6,4 ГВт. На тот момент станция несла нагрузку 4,1 ГВт. Полное восстановление ГЭС завершилось в 2014 году и обошлось в 41 млрд руб.
21 июля 2010 года группа боевиков устроила теракт на Баксанской ГЭС «РусГидро» (установленная мощность станции составляла около 25 МВт, рабочая — 14 МВт). Восстановление завершилось в декабре 2012 года и стоило до 1,5 млрд руб.
27 июня 2017 года в Сибири аварийно отключились семь энергоблоков Богучанской ГЭС мощностью по 333 МВт и второй энергоблок Березовской ГРЭС мощностью 800 МВт. Авария привела к отключению нагрузки на трех алюминиевых заводах «Русала» — Братском, Иркутском и Красноярском. На ремонт и восстановление ушло около четырех часов.