В 1998 году начальник ГУВД по Санкт-Петербургу и Ленобласти Анатолий Пониделко был отправлен в отставку по результатам министерской комплексной проверки оперативно-служебной деятельности ГУВД.
В январе 1999 года ушел в отставку вице-губернатор по финансам, лидер местных "яблочников" Игорь Артемьев в связи с тем, что Владимир Яковлев отказался от своих предвыборных обещаний перед партией "Яблоко", в коалиции с которой он победил на выборах 1996 года.В 1999 году Валерий Малышев, курировавший в правительстве вопросы транспорта, связи и спорта, был делегирован по региональному списку партии "Отечество — Вся Россия" в Госдуму от Петербурга после возбуждения уголовного дела о финансировании съезда движения "Вся Россия", по которому он проходил свидетелем. Дело закрыто в 2001 году. Снова стал вице-губернатором в 2000 году, но был отстранен от должности Генпрокуратурой в связи с предъявлением обвинения в получении взятки от руководства Экси-банка (банк обслуживал счета подрядчиков, работающих на строительстве кольцевой автодороги, которое курировал Валерий Малышев). После передачи дела в суд в апреле 2002 года скончался от инсульта.
Начальник милицейского главка Виктор Власов ушел в отставку добровольно в 1999 году после убийства депутата законодательного собрания Виктора Новоселова.
В 1999 году глава канцелярии губернатора вице-губернатор Виктор Яцуба ушел со своего поста по состоянию здоровья (по неофициальным данным, под давлением компромата).
Не удержался на посту в 2001 году вице-губернатор, председатель комитета по экономике и промышленной политике Анатолий Алексашин. Формальным поводом для его отставки послужили итоги проверки деятельности комитета Контрольно-счетной палатой, выявившей ряд нарушений. В кулуарах Смольного говорили, что господин Алексашин слишком активно участвовал в переделе сфер влияния в самых прибыльных сферах местного бизнеса — топливной и алкогольной.
Председатель комитета по печати, и. о. вице-губернатора Александр Потехин добровольно ушел в отставку в 2001 году в связи с расследованием уголовного дела о злоупотреблениях в комитете, связанных с мошенничеством при проведении социологических исследований. В 2002 году был обвинен следствием в незаконном участии в предпринимательской деятельности, дело прекращено по амнистии. В 2003 году неудачно пытался реабилитироваться по суду.
Председатель комитета по здравоохранению, вице-губернатор Анатолий Каган в 2001 году отстранен от должности в связи с возбуждением уголовного дела о злоупотреблении должностными полномочиями и халатности. В 2003 году суд прекратил его дело по амнистии, а также в связи с истечением сроков давности привлечения к ответственности, после чего господин Каган был восстановлен на службе.
В июне 2002 года руководитель канцелярии городской администрации, вице-губернатор Юрий Антонов, отвечавший за привлечение инвестиций, ушел из Смольного по состоянию здоровья в Петербургскую топливную компанию (по неофициальным данным, под давлением компромата).
Осенью 2002 года накануне очередной ревизии, которая опять признала работу местной милиции неудовлетворительной, ушел в отставку по собственному желанию начальник ГУВД, член правительства Вениамин Петухов.