В мае 2001 года управление Генпрокуратуры в Северо-Западном федеральном округе возбудило уголовное дело о получении вице-губернатором Малышевым крупной взятки от руководства Экси-банка, обслуживавшего счета подрядчиков, работающих на строительстве кольцевой автодороги. Впоследствии были добавлены обвинения в злоупотреблении положением и неуплате налогов, а сам господин Малышев был отстранен от должности постановлением следователя. Весной 2002 года дело было направлено в суд, но сам Валерий Малышев в ночь на 7 мая умер в больнице от инсульта.
В июне 2001 года Генпрокуратура возбудила уголовное дело по факту мошенничества: сотрудники комитета по печати, возглавляемого Александром Потехиным, обвинялись в том, что размещали заказы на проведение социологических исследований, финансируемых из бюджета, в некоем ГЦ РОС. Одним из соучредителей ГЦ РОС был сам председатель комитета. По версии следователей, РОС был подставной фирмой, сотрудники которой переводили деньги на счета субподрядчиков и обналичивали их. Вскоре после возбуждения дела господин Потехин добровольно ушел в отставку. В ноябре 2002 года ему было предъявлено обвинение в незаконном участии в предпринимательской деятельности. В феврале 2003 года дела были объединены в одно производство, а еще через некоторое время это объединенное дело было прекращено по амнистии.Осенью 2001 года постановлением следователя был отстранен от исполнения своих обязанностей вице-губернатор, председатель комитета по здравоохранению Анатолий Каган. Он обвинялся в злоупотреблении должностными полномочиями и в халатности. По материалам дела, возглавляемый господином Каганом комитет завышал цены при покупке лекарств для государственных аптек. В результате городскому бюджету был нанесен ущерб почти в 6 млн руб. Анатолий Каган также попал под амнистию и был восстановлен в должности.
В апреле 2002 года управление Генпрокуратуры в Северо-Западном округе возбудило уголовное дело против вице-губернатора, председателя комитета финансов Виктора Кротова. Ему вменялось в вину то, что он неоднократно давал от лица города незаконные и необоснованные с экономической точки зрения поручительства по коммерческим кредитам. Также правоохранительные органы посчитали нарушением, что ряд бюджетных счетов Петербурга находился в коммерческих банках, которые кредитовали городской бюджет. Обвинение господину Кротову пока не предъявлено, от должности он не отстранен, следствие продолжается.
В октябре 2002 года уставный суд Санкт-Петербурга вынес вердикт, запрещающий Владимиру Яковлеву баллотироваться на третий губернаторский срок.
В феврале 2003 года городской суд Петербурга отменил результаты выборов по 41-му округу, в котором депутатом законодательного собрания города был избран лидер прогубернаторской депутатской группы "Единый город", глава БалтОНЭКСИМбанка Юрий Рыдник.
В феврале 2003 года государственный телеканал "Россия" посвятил сразу несколько передач рассказу о том, как неэффективно администрация города расходует средства, выделенные на празднование 300-летия Петербурга.
В марте 2003 года указом Владимира Путина полпредом президента в Северо-Западном округе назначена Валентина Матвиенко — один из главных потенциальных кандидатов на пост губернатора.
В марте 2003 года Минфин РФ проинформировал администрацию Петербурга о блокировке поступлений в городской бюджет средств из федерального бюджета. Повод — отказ городского комитета финансов учесть в отчете за 2002 год обязательства по кредиту РАО "Высокоскоростные магистрали" на 2,6 млрд руб.