6 февраля 1996 года за передачу сведений о радиационной обстановке на Северном флоте арестован эксперт норвежского экологического объединения Bellona капитан первого ранга в запасе Александр Никитин. В декабре 1996 года освобожден под подписку о невыезде. 29 декабря 1999 года признан невиновным горсудом Петербурга. Прокуратура обжаловала приговор в Верховном суде. 13 сентября 2000 года судебная коллегия ВС РФ оставила приговор в силе.
В апреле 1996 года по обвинению в сотрудничестве с британской разведкой арестован второй секретарь департамента Северной Америки МИД РФ Платон Обухов. 27 июля 2000 года Мосгорсуд приговорил его к 11 годам тюрьмы. 16 января 2001 года Верховный суд отменил приговор и назначил психиатрическую экспертизу. 17 мая 2002 года Обухов признан невменяемым и направлен горсудом на принудительное лечение.В 1996 году по обвинению в сотрудничестве в течение 20 лет со спецслужбами США и передаче им секретных сведений о кадровом составе советских загранпредставительств арестован сотрудник МИД России Владимир Макаров. 19 августа 1997 года приговорен Мосгорсудом к семи годам строгого режима. Направил президенту РФ ходатайство о помиловании. 8 октября 1997 года прошение удовлетворено, Владимир Макаров освобожден.
В ноябре 1997 года по обвинению в госизмене в форме шпионажа задержан журналист газеты Тихоокеанского флота "Боевая вахта" Григорий Пасько. УФСБ инкриминировало ему передачу сведений, содержащих гостайну, газете Asahi и телекомпании NHK. Сам господин Пасько считает, что преследованию он подвергся из-за своей экологической деятельности: он фиксировал, например, факты слива военными моряками химических отходов в Японское море. В июле 1999 года военный суд ТОФ признал Григория Пасько невиновным по обвинению в государственной измене, но осудил на три года за "злоупотребление служебным положением". В зале суда журналиста освободили по амнистии. Пасько подал жалобу, добиваясь полного оправдания, а прокуратура ТОФ — протест, настаивая на пересмотре дела. 25 декабря 2001 года после шестимесячного разбирательства суд ТОФ признал журналиста виновным в шпионаже и осудил на четыре года лишения свободы в колонии. 23 января 2003 года освобожден условно-досрочно.
3 июля 1998 года по обвинению в сотрудничестве с южнокорейской разведкой задержан замдиректора 1-го департамента Азии МИД РФ Валентин Моисеев. 16 декабря 1999 года приговорен Мосгорсудом к 12 годам тюрьмы с конфискацией имущества. 25 июля 2000 года приговор отменен судебной коллегией Верховного суда, дело направлено на новое разбирательство. 14 августа 2001 года Мосгорсуд сократил срок наказания до четырех с половиной лет лишения свободы. 31 декабря 2002 года Моисеев вышел из тюрьмы по истечении срока наказания.
В декабре 1998 года по обвинению в передаче разведке США технического описания комплекса активной защиты танка "Арена" задержан гендиректор московского ЗАО "Элерс Электрон" Виктор Калядин. 31 октября 2001 года приговорен Мособлсудом к 14 годам лишения свободы. Адвокаты обратились в ВС РФ с просьбой о смягчении приговора и переквалификации обвинения. В августе 2002 года ВС оставил кассацию без удовлетворения, приговор вступил в силу. Калядин отбывает наказание.
4 апреля 2002 года за попытку передачи ЦРУ секретных сведений сотрудниками ФСБ в Москве был задержан кадровый российский разведчик Александр Сыпачев. 11 ноября того же года Московский окружной военный суд приговорил его к восьми годам заключения за шпионаж. Главная военная прокуратура обжаловала приговор в Верховном суде, найдя его слишком мягким, но решение было оставлено в силе — суд счел, что офицер не заслуживает более строгого наказания, поскольку он только "покушался на шпионаж": секретные материалы так и не попали в руки иностранным разведчикам.