В октябре-декабре 1993 года контрольное управление администрации президента РФ обвинило Евгения Наздратенко в саботировании президентских указов о приватизации и предложило освободить его от должности губернатора Приморья.
В августе 1994 года Евгений Наздратенко обратился к президенту Ельцину с просьбой выделить Курильские острова из состава Сахалинской области и передать их под юрисдикцию Приморского края. В ответ сахалинская обладминистрация обвинила господина Наздратенко в стремлении прибрать к рукам богатейший рыбопромысловый район, чтобы повысить свои шансы на предстоящих выборах губернатора края.3 октября 1994 года президент Борис Ельцин по просьбе группы депутатов Госдумы во главе с Егором Гайдаром и Григорием Явлинским отменил назначенные Евгением Наздратенко в нарушение Конституции выборы губернатора Приморского края. В ответ на это Евгений Наздратенко заявил, что выборы все равно состоятся, но через день подчинился.
В мае 1995 года госкомиссия по неплатежам обвинила приморского губернатора в нецелевом расходовании федеральных средств — 40 млрд неденоминированных рублей.
В сентябре 1995 года Евгений Наздратенко объявил, что в его рабочем кабинете было обнаружено подслушивающее устройство.
В июле 1996 года руководство РАО ЕЭС заявило, что Евгений Наздратенко искусственно занижает тарифы на электроэнергию в крае в популистских целях.
В августе 1996 года Борис Ельцин вынес губернатору Приморья Евгению Наздратенко "предупреждение о неполном служебном соответствии".
В сентябре 1996 года транспортники и энергетики Приморского края выразили Евгению Наздратенко недоверие и потребовали ввести в Приморье прямое президентское правление.
В августе 1996 года суд восстановил в должности мэра Владивостока Виктора Черепкова, который был отстранен от должности губернатором Приморского края в феврале 1994 года.
В январе 2001 года депутаты Приморской краевой думы потребовали отставки Евгения Наздратенко. Главное контрольное управление президента России объявило о начале проверки деятельности администрации Приморья.
31 января 2001 года Владимир Путин заявил, что краевая администрация Приморья "не оправдала доверия населения, оказанного ей на выборах".
5 февраля 2001 года состоялся телефонный разговор президента Путина с губернатором Наздратенко, после которого последний объявил о своей отставке, пообещав не участвовать в предстоящих выборах губернатора Приморского края.
В феврале 2003 года губернатор Приморского края Сергей Дарькин обвинил председателя Госкомрыболовства Евгения Наздратенко в том, что он своими действиями вызвал "паралич деятельности рыболовецких флотов региона", отказавшись подписать приказ о начале весенней путины в Приморском крае.