Халифа Хафтар родился в 1943 году. Вместе с бывшим ливийским лидером Муаммаром Каддафи, с которым он познакомился в военной академии в Бенгази, участвовал в свержении королевской власти в Ливии в 1969 году. Долгое время был среди приближенных ливийского лидера.
В 1980-х руководил ливийскими военными, принимавшими участие в военном конфликте в Чаде. В 1987 году вместе со своими людьми попал в плен, и Муаммар Каддафи, отрицавший присутствие ливийских военных в Чаде, от него отрекся. С этого момента Халифа Хафтар посвятил свою жизнь борьбе с бывшим соратником. По данным СМИ, бежать из плена Халифе Хафтару помогло ЦРУ. Более 20 лет он прожил в США и вернулся в Ливию только в 2011 году, сразу став одним из ключевых командиров в рядах восставших против Муаммара Каддафи.
Вашингтон недооценил Халифу Хафтара и не стал продвигать его на первые позиции во время переворота в Ливии, хотя генерал несколько раз пытался провозгласить себя главнокомандующим повстанческими войсками. Но Халифа Хафтар не дал о себе забыть. В 2014 году он начал операцию по освобождению восточной провинции страны от различных групп исламских экстремистов. В 2015 году Палата представителей назначила его командующим «Ливийской национальной армией», а вот отношения с Правительством национального согласия у Халифы Хафтара не сложились, хотя последние два года международное сообщество предпринимало неоднократные попытки добиться компромисса между двумя политическими силами.