17 октября 2001 года во время бомбардировки силами США был уничтожен грузовик с беженцами в Кандагаре, погибли 20 человек. Кроме того, одна из ракет упала на рыночную площадь в пригороде Кабула.
25 ноября 2001 года в Кундузе американские самолеты по ошибке разбомбили старинную крепость Куна Кала, только что занятую Северным альянсом. Около 20 бойцов альянса погибли, шестеро были ранены, уничтожено несколько десятков танков и машин.25 ноября 2001 года во время подавления мятежа пленных талибов под Мазари-Шарифом от ошибочно сброшенной американцами авиабомбы пострадали пять бойцов отряда специального назначения армии США.
5 декабря 2001 года под Кандагаром бомбардировщик B-52 по ошибке сбросил бомбу вблизи позиций Северного альянса, где находилось также американское спецподразделение. трое военнослужащих США были убиты, 19 ранены. Легкое ранение получил глава временного правительства Афганистана Хамид Карзай.
21 декабря 2001 года около города Хост самолеты AC-130 и истребители палубной авиации уничтожили колонну из 12 машин, в которых афганские старейшины следовали в Кабул на церемонию приведения к присяге временного правительства Афганистана. Погибли 65 человек.
24 января 2002 года в провинции Урузган были убиты 15 афганцев, которых американские военные приняли за боевиков "Аль-Каиды". Во время этого же рейда спецназовцы задержали 27 лояльных к новым властям афганцев. Ошибку Пентагон признал через неделю, тогда же задержанных афганцев освободили.
20 марта 2002 года у города Хост, где расположена тренировочная база ISAF, американские вертолеты обстреляли военнослужащих США и Канады, а также афганцев-союзников, приняв их за талибов. В результате три афганца убиты, девять человек, в том числе морской пехотинец США, ранены.
18 апреля 2002 года пилот истребителя-бомбардировщика F-16 во время выполнения учебного вылета к югу от Кандагара по ошибке сбросил на позиции канадских миротворцев авиабомбу с лазерным наведением весом 500 кг, четверо канадских военнослужащих погибли, восемь были ранены.
1 июня 2002 года в провинции Лагар американские военнослужащие приняли за талибов отряд местных милиционеров, которые, не предупредив американцев, решили провести операцию по изъятию оружия у населения. В результате четверо афганцев были убиты и трое ранены.