Банк основан 24 декабря 1993 года. Учредителями выступили крупнейшие государственные и коммерческие предприятия Бурятии — золотодобывающее "Бурятзолото" и внешнеторговое акционерное общество "Бурятвнешторг". Являлся крупнейшим банком в Бурятии. Оказывал весь спектр банковских услуг. С декабря 2004 года являлся участником системы страхования вкладов.
Бенефициарами Байкалбанка выступали РНПФ "Социальная защита" — 10,89%, ООО "КБ "Судостроительный банк"" — 10,54% и другие компании. Банк имел три филиала, собственную сеть банкоматов — 270 устройств. Численность персонала на 1 апреля 2016 года составляла 837 человек. По состоянию на 1 августа 2016 года занимал 222-е место в РФ по сумме чистых активов (10,1 млрд руб.) Объем средств граждан составлял 3,2 млрд руб. За пять месяцев 2016 года понес убыток в размере 344 млн руб.
18 августа 2016 года ЦБ отозвал лицензию Байкалбанка — причиной послужила потеря банком собственного капитала. 24 октября того же года арбитражным судом Бурятии он был признан банкротом. 11 ноября было возбуждено дело о преднамеренном банкротстве Байкалбанка.