В январе 2001 года регион возглавил генерал Владимир Шаманов. В первом туре выборов, состоявшихся 24 декабря, он получил 56,3% голосов — на 32,7% больше, чем у главы областной администрации Юрия Горячева, руководившего регионом почти 14 лет. Предвыборная кампания сопровождалась рядом скандалов. Генерал обвинял губернатора в использовании административного ресурса, утверждая, что тот "воздействует на избирателей, запугивая, что уберут с работы, лишат тепла и так далее". Господин Горячев, в свою очередь, заявлял, что избрание генерала, воевавшего в Чечне, спровоцирует в области серию терактов. В эфире программы "Итоги" губернатор также заявлял, что за генералом "стоит самарский и тольяттинский криминал".
В октябре 2004 года господин Шаманов снял свою кандидатуру с предстоящих выборов главы региона, не получив поддержки "Единой России" (ЕР). Среди причин называлось недовольство федеральных властей тяжелой экономической ситуацией в области. Господин Шаманов тогда приостановил членство в ЕР до "преодоления раскола внутри местной организации партии".
С января 2005 года область возглавляет экс-мэр Димитровграда Сергей Морозов. Второй тур выборов в декабре 2004-го, на которых он получил 52,6% голосов, сопровождался скандалом — по решению суда за подкуп избирателей был снят предприниматель Сергей Герасимов, а его место заняла кандидат от ЕР Маргарита Баржанова. При этом против всех проголосовали 25,2%.
В январе 2012 года на заседании заксобрания области фракция КПРФ заявила о массовых нарушениях избирательного законодательства на прошедших в декабре выборах в Госдуму. Присутствующий на заседании губернатор обвинил лидера фракции Александра Кругликова во лжи: "Не надо врать! Что вы врете? Как сивый мерин врете, врете и врете!" — заявил он. В ответ фракция выпустила заявление "о недопустимости хамства" со стороны главы региона.
В сентябре 2015 года разгорелся конфликт между губернатором и федеральным руководством ЕР по поводу кандидатуры главы Ульяновска. Им был назначен протеже губернатора Сергей Панчин, несмотря на то что генеральный совет ЕР рекомендовал на эту должность экс-главу города Марину Беспалову. При этом местное отделение ЕР, лояльное губернатору, исключило госпожу Беспалову из партии. Улаживал конфликт лично секретарь генсовета Сергей Неверов.
В марте 2016 года КПРФ через лидера партии Геннадия Зюганова направила в администрацию президента письмо с претензиями в адрес губернатора, обвинив его в коррупции и спаде региональной экономики. Ранее в декабре скандал случился на заседании областного заксобрания, когда члены фракции ЕР демонстративно заглушили выступление коммуниста Алексея Куринного фонограммой песни о Ленине.