Первое в российской истории падение "Протона-К" произошло 27 мая 1993 года. Из-за неполадок во второй ступени на орбиту не был выведен спутник "Горизонт-39".
16 ноября 1996 года из-за неполадок в разгонном блоке "Протона-К" межпланетная станция "Марс-96" стоимостью $300 млн сошла с орбиты и затонула в Тихом океане.
5 июля 1999 года плохая сварка шва крышки турбонасосного агрегата двигателя "Протона-К" привела к падению военного спутника связи "Радуга-1".
27 октября 1999 года из-за отказа первого маршевого двигателя произошло возгорание "Протона-К" со спутником связи "Экспресс-А1".
28 февраля 2006 года из-за аварии разгонного блока "Бриз-М" на орбиту не был выведен арабский спутник ArabSat-4A.
6 сентября 2007 года из-за отказа рулевых машин второй ступени потерпела крушение ракета "Протон-М" с японским спутником связи JCSat-11.
15 марта 2008 года ракета "Протон-М" не вывела на орбиту американский спутник связи AMC-14. Авария произошла из-за отказа двигателя разгонного блока "Бриз-М".
5 декабря 2010 года из-за превышения массы разгонного блока ракета "Протон-М" с тремя спутниками "Глонасс-М" затонула в Тихом океане. Ущерб составил около $90 млн.
18 августа 2011 года спутник "Экспресс-АМ4" был выведен на неверную орбиту. Причиной стали ошибки при формировании циклограммы работы разгонного блока "Бриз-М".
6 августа 2012 года "Протону-М" не удалось вывести на орбиту спутники "Экспресс-МД2" и "Телком-3". Причиной послужило отключение двигателя разгонного блока.
2 июля 2013 года из-за неверной установки датчика угловых скоростей по каналу рыскания после старта взорвалась ракета "Протон-М" с тремя спутниками "Глонасс-М". Ущерб составил около 4,4 млрд руб.
16 мая 2014 года в атмосфере сгорела ракета "Протон-М" со спутником "Экспресс-АМ4Р". Причиной стало разрушение узла подшипника турбонасосного агрегата.
16 мая 2015 года в атмосфере из-за отказа рулевого двигателя третьей ступени сгорела ракета "Протон-М" с мексиканским спутником MexSat-1. Ущерб превысил 57 млн руб.