В 1985 году на Московском НПЗ произошел первый крупный пожар. Тридцатитонный резервуар с бензином тушили в течение суток.
25 марта 1998 года сгорела установка первичной переработки, находящаяся в центре комплекса. Существовала угроза взрыва, который мог выбросить в атмосферу тонны вредных веществ.
20 мая того же года на заводе произошел выброс сероводорода. Содержание вещества в воздухе в районе НПЗ превысило нормы в 2-2,5 раза.
21 августа 1998 года возник пожар в резервуаре с топливом. Продукты горения ветер относил за кольцевую дорогу.
25 мая 2005 года из-за аварии на подстанции "Чагино" и сокращения подачи электроэнергии завод был вынужден увеличить выброс газовоздушной смеси в атмосферу. Замглавы Росприроднадзора Олег Митволь заявил, что вред экологии от вредных выбросов превысил 12 млн руб.
13 июля 2008 года зафиксирован мощный выброс огня и дыма из трубы НПЗ. В воздухе ненадолго повысилось содержание продуктов горения.
14 апреля 2014 года арбитражный суд Москвы взыскал с МНПЗ 1,4 млрд руб. Проверка природоохранной прокуратуры Москвы установила, что находящийся на территории завода буферный пруд с нефтесодержащими отходами расположен в непосредственной близости от водоохранной зоны реки Москвы, что приводит к загрязнению.
10 ноября того же года в Москве ощущался запах сероводорода, замеры показали высокую концентрацию химических элементов в воздухе. 16 декабря Симоновский суд Москвы оштрафовал МНПЗ на 250 тыс. руб. за выбросы вредных веществ без разрешительной документации. 31 декабря МНПЗ и его гендиректора оштрафовали соответственно на 100 тыс. руб. и 5 тыс. руб. за несоблюдение экологической безопасности. 12 мая 2015 года арбитражный суд отменил штраф 250 тыс. руб.