Предполагается, что строительство в почти полностью разрушенном Ленске будет вестись на четырех площадках, определенных федеральной комиссией. Самая низкая из этих площадок расположена на 17,5 м выше минимального зимнего уровня реки Лена, хотя вода во время паводка 2001 года поднялась больше чем на 20 м. Всего в городе должно быть восстановлено или отстроено заново жилье для 4750 семей: для 1200 — за счет средств акционерной компании АЛРОСА, остальное — на паритетных началах из средств федерального и якутского бюджетов. Правительство республики пытается привлечь к восстановлению все крупные промышленные, транспортные и строительные предприятия республики и использовать бюджеты крупных городов. В частности, столица республики Якутск будет восстанавливать жилые дома в ленском микрорайоне геологов "Разведчик", а компания АЛРОСА направила в Ленск с Айхальского алмазного рудника пять сорокатонных "БелАЗов".
В то же время руководитель чрезвычайной комиссии правительства Якутии по ликвидации последствий паводка Александр Акимов признал просчеты в организации использования уже привлеченных сил и средств. Так, десятки квалифицированных рабочих (сварщиков, сантехников, электриков), приехавших на восстановительные работы из районов республики, ничего не делают, но отказываются убирать мусор и разбирать завалы. Из Ленска за пьянство уже отправлены по домам 26 человек, отмечены случаи массовых беспорядков.