В ответ на прозвучавшее 28 ноября 2014 года обвинение в фальсификации молочной продукции компания Danone обвинила главу Минсельхоза Николая Федорова в клевете и потребовала опровержения. "Мы, "Danone Россия"... не только возмущены подобными высказываниями должностного лица, но расцениваем их как прямую клевету",— заявили в компании.
Национальный союз производителей молока ("Союзмолоко") также раскритиковал заявление Николая Федорова и попросил правительство вмешаться в спор. Авторы обращения отмечали, что проблемы в отрасли заключаются в подходе Минсельхоза. В организации отметили, что за два года Николай Федоров "ни разу не встретился с представителями крупнейшего отраслевого объединения".
22 декабря 2014 года на заседании Совета федерации по вопросам импортозамещения в сельском хозяйстве спикер Валентина Матвиенко возмутилась резким скачком цен на зерно, несмотря на рекордный урожай. Она отметила, что Николай Федоров будет "персонально отвечать за эту ситуацию".
19 января 2015 года, во время антикризисной встречи с министрами, секретарь генсовета партии "Единая Россия" Сергей Неверов раскритиковал выступление господина Федорова по вопросам роста цен на продовольствие. "Николай Васильевич, вы нам не рассказывайте про цены, мы приехали из регионов... Скажите, что предполагается сделать",— заявил господин Неверов в ходе отчета министра.