17 ноября на Московском нефтеперерабатывающем заводе в Капотне загорелась установка высокотемпературной переработки нефти. К тушению пожара привлечено около 33 единиц техники и более 100 человек. О других инцидентах на предприятии — в материале “Ъ”.
В 1985 году на Московском НПЗ произошел первый крупный пожар. 30-тонный резервуар с бензином тушили в течение суток.
17 февраля 1993 года во время пуско-наладочных работ после капитального ремонта загорелась установка перегонки нефти. Экологическая обстановка существенно не изменилась.
25 марта 1998 года сгорела установка первичной переработки нефти, находящаяся в центре комплекса. Существовала угроза взрыва, который мог выбросить в атмосферу тонны вредных веществ.
20 мая 1998 года на заводе произошел выброс сероводорода. Содержание вещества в воздухе в районе НПЗ превысило нормы в 2-2,5 раза.
21 августа 1998 года возник пожар в резервуаре с топливом. Содержание вредных веществ в воздухе в Москве не превысило предельных значений, ветер относил продукты горения за кольцевую дорогу.
4 января 2002 года вспыхнул пожар на одной из установок каталитического риформинга. Об ущербе экологии не сообщалось.
25 мая 2005 года из-за аварии на подстанции "Чагино" и сокращения подачи электроэнергии завод был вынужден увеличить выброс газовоздушной смеси в атмосферу. В МЧС заявили, что концентрация окиси углерода и бутана не превысила норм.
13 июля 2008 года зафиксирован мощный выброс огня и дыма из трубы НПЗ. В воздухе ненадолго повысилось содержание продуктов горения.
3 июня 2011 года произошло возгорание в помещении компрессорной станции. Завод снизил отгрузку на 15%. Об экологическом ущербе не сообщалось.
14 апреля 2014 года арбитражный суд Москвы взыскал с МНПЗ 1,4 млрд руб. Проверка природоохранной прокуратуры Москвы установила, что находящийся на территории завода буферный пруд с нефтесодержащими отходами расположен в непосредственной близости от водоохранной зоны реки Москвы, что приводит к загрязнению.
10 ноября 2014 года микрорайон Кожухово был окутан густой дымкой с резким запахом. Позже запах распространился по многим другим районам Москвы; предельно допустимые нормы по содержания вредных веществ в некоторых из них были превышены в несколько раз. В тот же день первый замначальника главного управления МЧС России по Москве Юрий Акимов сообщил, что на НПЗ в Капотне произошла утечка сероводорода.
25 июня 2015 года на НПЗ произошла авария, из-за которой была остановлена одна из установок риформинга (в результате этого процесса получается высококачественный бензин, а также водород). О сроках ремонта не сообщалось.
13 сентября 2015 года на территории НПЗ загорелись остатки нефтепродуктов на демонтируемом объекте. Пожар удалось быстро ликвидировать.
1 мая 2016 года на НПЗ произошел хлопок в здании с дизтопливом. Задымление и пожар, возникшие в результате хлопка, были ликвидированы пожарным отрядом нефтеперерабатывающего завода. В результате инцидента пострадали три человека.
14 мая 2017 года НПЗ прекратил прием нефти и сдачу продукции из-за нештатной ситуации, сообщал Forbes. В пресс-службе завода опровергали этот факт, по их данным «установка получения серы была остановлена в ходе тестирования автоматической системы безопасности».