Единственная крупная кража из Эрмитажа произошла в июле 1994 года. Тогда один из сотрудников отдела Востока обратил внимание, что из зала #60 на первом этаже Зимнего дворца пропала египетская (александрийская) чаша стоимостью более $500 тыс. Чаша находилась в навесной витрине в экспозиции "Культура и искусство народов Кавказа". Вместо нее вор оставил записку о том, что экспонат взят на исследование. Преступник, а им оказался электрик музея Михаил Богданов, был приговорен к длительному сроку. Чаша вернулась в экспозицию.
Но самый известный криминальный эпизод, связанный с музейным собранием Эрмитажа, произошел 15 июня 1985 года: некто Бронюс Майгис среди бела дня облил концентрированной серной кислотой и исполосовал ножом "Данаю" Рембрандта. Преступник был задержан на месте происшествия и осужден. Реставрация "Данаи" продолжалась 13 лет и стоила сотни тысяч долларов. 18 октября 1998 года картина вернулась в музей.