Официальной датой рождения Сапатистской армии национального освобождения (САНО) считается 17 ноября 1983 года. Несколько студентов-метисов, вдохновленные кубинской революцией и идеалами социализма, организовали вылазку в горные районы сельвы и попытались создать свой партизанский отряд. Там они встретили группы индейцев, которые покинули обжитые земли высокогорья и учредили небольшие поселения в пять-шесть семей. Жители стали обеспечивать членов САНО необходимой провизией, взамен получая навыки по самозащите и охране своих новых территорий. Спустя несколько лет тесного взаимодействия индейцы и партизаны настолько притерлись друг к другу, что решили начать длительную борьбу за собственные права. Основу движения составляют представители этнических групп чоли, цоцили и цельтали.
Изначально крестьяне Чьяпаса искали защиты и покидали свои поселения по нескольким причинам. Во-первых, многих не устраивала авторитарная власть касиков — богатых влиятельных старейшин в иерархически устроенных традиционных общинах. Во-вторых, индейцы уходили под давлением скотоводов. Правительство с 1960-х годов проводило вырубку ценной древесины и освобождало территории под экстенсивное животноводство и пашни, чем непосредственно занимались владельцы латифундий и ранчо, выкупившие землю. Для защиты территорий богатые землевладельцы издавна держат полувоенные формирования — так называемые "Свободные боевые бригады Чьяпаса", которые берут начало со времен Мексиканской революции 1910-1920-х. Бойцы бригад — неофициально их называют "Белая гвардия" — часто совершали набеги на поселения индейцев с целью разорения и присвоения территории. Именно террором со стороны "Белой гвардии" сапатисты объясняют наличие военного крыла своего движения.
Отдельным пунктом для недовольства индейских крестьян стало внесение поправок в 27-ю статью мексиканской конституции, регулирующую статус кооперативных и общинных земель. Статья объявляла все земли, воды и недра на территории Мексики национальной собственностью, а также декларировала необходимость раздела крупных латифундий и устанавливала принципы и процедуру проведения аграрной реформы. Тем самым нововведения предоставили возможность раздела и покупки территории, которая раньше де-факто находилась в собственности индейских поселений.
Сапатистское движение заявило о себе 1 января 1994 года — в момент вступления в силу Североамериканского соглашения о свободной торговле. Тогда индейцы участвовали в вооруженном восстании под руководством САНО, к которому сапатисты готовились почти десять лет. Старые винтовки и деревянные муляжи были основным оружием в руках бойцов САНО. Однако, воспользовавшись ситуацией в разгар новогодних праздников, повстанцы сумели занять несколько ключевых городов Чьяпаса и перекрыть все транспортные узлы на пару дней. В результате восстания со стороны сапатистов погибло по меньшей мере 145 человек, со стороны правительственных войск жертв не было. Через неделю сапатисты призвали власти к переговорам, а затем отошли вглубь территории штата.