Родился 4 октября 1965 года в Новороссийске. В 1987 году окончил технический факультет Высшей школы КГБ (ныне — Институт криптографии, связи и информатики при Академии ФСБ). До 1991 года работал в одном из НИИ Минобороны, где изучал компьютерные вирусы. В 1989 году создал свою первую антивирусную программу. В 1991-1997 годах в НТЦ КАМИ занимался разработкой программы Antiviral Toolkit Pro. В 1997 году вместе с коллегами из КАМИ создал "Лабораторию Касперского", в которой с 2007 года занимает пост гендиректора. В 2009-2011 годах — член Общественной палаты РФ. В 2009 году получил Госпремию в области науки и технологий. С августа 2010 года — член консультативного научного совета инновационного центра "Сколково". В 2012 году журнал Forbes оценил состояние господина Касперского в $700 млн (139-е место в России).