В январе 2001 года бывший заместитель главы Госкомрыболовства Михаил Дементьев был обвинен Генпрокуратурой в "превышении полномочий" при выделении квот на вылов. 20 февраля 2002 года он получил пять лет лишения свободы; ущерб от его действий оценен в $1,5 млн. Тогда же СМИ сообщали, что часть квот досталась фирмам знакомых главы Госкомрыболовства Юрия Синельника. 17 января 2001 года он покинул пост "в связи с переходом на другую работу", но нового назначения не получил.
25 ноября 2002 года в рамках расследования убийства губернатора Магаданской области Валентина Цветкова Генпрокуратура возбудила так называемое крабовое дело. Среди обвиняемых были заместители главы Госкомрыболовства Юрий Москальцов и Леонид Холод. По версии следствия, они незаконно увеличили квоты на вылов в научных целях в Охотском море краба и трубача, нанеся государству ущерб на $38,5 млн. Позже с господина Холода обвинения сняли, а Юрий Москальцов в 2004 году получил четыре года условно.
3 июня 2006 года задержан глава ликвидационной комиссии Госкомрыболовства Александр Тугушев. Чиновник и три его сообщника за $3,7 млн обещали фирме дополнительные квоты, но обещания не выполнили, а деньги присвоили. 15 февраля 2007 года Александр Тугушев получил шесть лет колонии.
23 апреля 2010 года задержан помощник руководителя Росрыболовства Игорь Бакулин. Он вымогал $250 тыс. у сахалинского предпринимателя под предлогом содействия в выигрыше тендера на вылов лосося. Обвинение в "покушении на получение взятки" позже переквалифицировали на "мошенничество". 10 августа 2011 года Игорь Бакулин приговорен к трем годам колонии.
25 мая 2011 года задержан руководитель Северо-Западного территориального управления Росрыболовства Сергей Муравьев. По данным следствия, чиновник принуждал подчиненных освобождать должности, а затем назначал на них других людей за взятки, общая сумма которых составила 26 млн руб. Ему предъявили обвинения в "злоупотреблении должностными полномочиями" и "получении взяток". Также его обвинили в "подделке документов" — при устройстве на работу он представил трудовую книжку с ложными сведениями о стаже. 7 ноября 2012 года городской суд Санкт-Петербурга начал рассмотрение дела.