В марте 1995 года полковник Владимир Шаманов был направлен в Чечню во главе опергруппы 7-й воздушно-десантной дивизии (Новороссийск). Осенью того же года получил звание генерал-майора. Руководил операциями по взятию нескольких опорных пунктов чеченских сепаратистов, в том числе Ведено, при штурме которого было уничтожено более 300 боевиков. В мае 1996-го в должности командующего группировкой Минобороны в Чечне командовал взятием села Бамут. Однако в июле того же года он покинул Чечню, поступив в Академию Генштаба. Вскоре после его отъезда из Чечни боевики взяли Грозный, Гудермес и Аргун, по Хасавюртовским соглашениям Чечня получила независимость.
В августе 1999 года генерал Шаманов вернулся в Чечню в должности командующего 58-й армией (Владикавказ). Руководил взятием ваххабитских дагестанских сел Чабанмахи и Карамахи. В ходе "второй чеченской войны" в октябре 1999 года в должности командующего Западным направлением объединенной группировки федеральных сил брал Ачхой-Мартановский и Урус-Мартановский районы Чечни. Стал одним из наиболее известных и авторитетных "чеченских" военачальников российской армии. В декабре получил звание Героя России.
В декабре 2000 года при активной поддержке Кремля Владимир Шаманов избран главой Ульяновской области (56,26% голосов), став одним из первых губернаторов "путинского призыва". На посту губернатора он отказался от жесткого администрирования в экономике, однако проблемы с ЖКХ и энергетикой по-прежнему делали регион одним из самых кризисных в стране. В ноябре 2004 года "Единая Россия" отказала господину Шаманову в поддержке на очередных выборах, после чего он снял свою кандидатуру и приостановил членство в "Единой России". С 13 ноября 2004 года Владимир Шаманов работал советником премьера Михаила Фрадкова по вопросам социальной защиты военнослужащих и взаимодействия с ветеранскими организациями, а с марта 2006 года — помощником министра обороны Сергея Иванова.
В ноябре 2007 года Владимир Шаманов вернулся на военную службу, получив пост начальника Главного управления боевой подготовки вооруженных сил. В августе 2008 года во время конфликта с Грузией оставил штабную работу и возглавил российскую военную группировку в Абхазии. 24 мая 2009 года Владимир Шаманов назначен командующим ВДВ России.