В апреле 2006 года глава Адыгеи Хазрет Совмен подал прошение о досрочной отставке, объяснив свое решение конфликтом с полпредом президента в Южном федеральном округе Дмитрием Козаком. По его словам, полпред настаивал на объединении Адыгеи с Краснодарским краем и чинил препятствия работе исполнительных органов республики. Президент РФ Владимир Путин отказался одобрить отставку, предложив господину Совмену доработать до истечения полномочий и поручив полпреду подобрать кандидатуру преемника. В январе 2007 года новым президентом стал Аслан Тхакушинов.
Осенью 2007 года возникло противостояние между законодательной и исполнительной властью Ставропольского края. Контролируемая справороссами краевая дума приняла ряд поправок к законам, которыми, в частности, ликвидировалась должность вице-губернатора. Губернатор Александр Черногоров отказался их подписывать. Конфликт был улажен после вмешательства полпреда Дмитрия Козака, потребовавшего найти компромисс "во что бы то ни стало". В начале 2008 года губернатор досрочно ушел в отставку, сославшись на "семейные проблемы".
В ноябре 2009 года возник конфликт между главой администрации президента Ингушетии Владимиром Борщовым и премьером республиканского правительства Алексеем Воробьевым. По одной из версий, господин Борщов предложил отменить итоги проведенного правительством тендера на многомиллионные закупки сельхозтехники, честность которого вызывала сомнения. В конфликт вмешался президент Ингушетии Юнус-Бек Евкуров, уволив главу своей администрации через полгода после назначения. Официальной причиной были названы "проблемы со здоровьем".
В августе 2010 года между омским губернатором Леонидом Полежаевым и мэром Омска Виктором Шрейдером разгорелся конфликт, причиной которого стали слухи о смерти главы региона, в распространении которых он заподозрил мэрию. Вскоре в подконтрольных областному правительству СМИ появились "разоблачающие" мэра материалы, затем были обнародованы данные экспертизы, свидетельствующие о "признаках коррупционной составляющей" в документах мэрии. В декабре появились слухи о готовящемся указе губернатора об отрешении главы Омска от должности. После этого в ситуацию вмешался полпред президента в Сибирском федеральном округе Виктор Толоконский, заявивший, что не видит оснований для отставки, и призвавший стороны прекратить споры. В 2011 году конфликт закончился уходом мэра в Госдуму.