10 ноября 1996 года в Южной Осетии состоялись первые выборы президента. Победу на них в первом туре одержал глава Верховного совета республики Людвиг Чибиров (63% голосов). Выборам предшествовало убийство одного из противников Чибирова, которое едва не переросло в вооруженное противостояние. В сентябре в Цхинвале был дважды взорван памятник Ленину, обстреляно здание ГОВД, а у домов нескольких чиновников подорваны самодельные бомбы. Тогда же в республике прошли и были сорваны первые теледебаты — в начале эфира свою программу успел изложить Людвиг Чибиров, но сразу после его выступления во всей республике отключился свет.
18 ноября 2001 года в первом туре выборов предприниматель Эдуард Кокойты набрал 38% голосов, лидер коммунистов Станислав Кочиев — 26%, а действующий президент Людвиг Чибиров — лишь 22%. Сразу после первого тура несколько сот спецназовцев КГБ Южной Осетии под командованием сына экс-президента Алексея Чибирова прибыли в здание парламента и попытались "убедить" господина Кочиева снять свою кандидатуру, что привело бы к отмене результатов первого тура и назначению новых выборов. Однако попытка не увенчалась успехом: навстречу спецназу вышел не уступающий ему в численности отряд ОМОНа. Стороны решили не устраивать междоусобицы, однако инцидент привел к переносу даты второго тура выборов со 2 на 6 декабря. Во втором туре Эдуард Кокойты набрал 55% голосов, одержав победу над Станиславом Кочиевым с 40%.
12 ноября 2006 года выборы президента Южной Осетии совпали с референдумом о ее независимости и альтернативными выборами главы республики, организованными Грузией на контролируемой ей территории. Выборы сопровождались неоднократными отключениями сотовой связи в Южной Осетии и блокированием дорог грузинским спецназом. На "осетинских" выборах за Эдуарда Кокойты и независимость проголосовали 96% населения (чуть больше 50 тыс. человек). На "грузинских" выборах за Дмитрия Санакоева отдали свои голоса 80% избирателей (более 40 тыс. человек). Власти Грузии объявили легитимным президентом Санакоева, который формально до сих пор возглавляет альтернативное правительство Южной Осетии и даже иногда участвует в международных переговорах.