18 мая 2000 года — Алексей Кудрин заместитель председателя правительства РФ — министр финансов РФ.
В июле 2000 года Алексей Кудрин впервые в общих чертах сформулировал свой главный тезис — экономия расходов. Тогда же закончилось действие трехлетней программы сокращения госрасходов, ее итогом стал рост долгов федерального бюджета перед бюджетными организациями на 34 млрд руб.
Август 2000 года — Алексей Кудрин подготовил свой первый проект бюджета на 2001 год, исходя из скромных $18-19 за баррель Urals (см. проекты).
Ноябрь 2000 года — Алексей Кудрин перевел Государственный таможенный комитет на казначейское обслуживание, начав реформу управления госфинансами (см. проекты).
Декабрь 2000 года — Алексей Кудрин подготовил доклад президенту о результатах совместной работы Министерства по налогам и сборам и Министерства экономического развития и торговли, которым было поручено разобраться с проблемой налогообложения в нефтяной отрасли.
Сентябрь 2001 года — Алексей Кудрин провел инвентаризацию всех внешних долгов РФ, начав процесс погашения внешнего долга (см. проекты).
Ноябрь 2001 года — по предложению Алексея Кудрина создан комитет по финансовому мониторингу в структуре Минфина. Это стало одним из первых шагов в рамках реформы управления госфинансами (см. проекты).
Март 2002 года — инициировал выдвижение заместителя министра финансов Сергея Игнатьева на пост председателя ЦБ взамен Виктора Геращенко. При участии господина Игнатьева фактически была запущена реформа госбанковского сектора (см. проекты).
Ноябрь 2002 года — Алексей Кудрин выступил с категоричным протестом против предложения Германа Грефа добиться "амбициозного" экономического роста созданием особых экономических зон.
Декабрь 2002 года — Алексей Кудрин призвал губернаторов и местные власти как можно быстрее отказаться от обслуживания своих бюджетов в собственных казначействах и передать все средства Федеральному казначейству. Такой перевод дал старт казначейской реформе в рамках смены системы управления госфинансами (см. проекты).
В декабре 2002--марте 2003 года по предложению Алексея Кудрина создана правительственная комиссия по вопросам оптимизации бюджетных расходов под его руководством.
Март 2003 года — правительство в целом одобрило представленный Минфином план налоговой реформы на 2003-2005 годы.
Июнь 2003 года — Алексей Кудрин впервые открыто выступил против роста оборонных расходов в бюджете на 2004 год.
Август 2003 года — Алексей Кудрин сформулировал впервые предложения о создании стабилизационного фонда в 2004 году. Первым идею создания стабфонда сформулировал в 2002 году советник президента по экономическим вопросам Андрей Илларионов. Фонд стал наполняться доходами в 2004 году.
9 марта 2004 года Алексей Кудрин стал министром финансов РФ в правительстве Михаила Фрадкова, лишившись статуса вице-премьера.
Апрель 2004 года — правительство завершило налоговую реформу, одобрив законопроектами поправки к Налоговому кодексу.
Апрель 2004 года — Алексей Кудрин объявил о начале бюджетной реформы. Главная идея бюджетной перестройки, сформулированная на начальном этапе, такова: бюджет должен формироваться не по сметному принципу (от достигнутого), а должен быть ориентирован на конкретные результаты, которые ведомства хотят получить за счет денег налогоплательщиков.
Конец 2004 года — Минздрав в соавторстве с Минфином подготовил и провел через Госдуму законопроект о замене натуральных льгот денежными выплатами (монетизации льгот). Уже в начале 2005 года эта реформа спровоцировала уличные волнения льготников.
Июнь 2005 года — под давлением Минфина правительство составило первый трехлетний прогноз социально-экономического развития и проект бюджета на 2006-2008 годы.
Июнь 2006 года — Алексей Кудрин впервые сформулировал свое отношение к созданию инновационной экономики, которую президент Дмитрий Медведев возвел в ранг национальной политики в 2007 году: "Если инфляция выше 3%, все разговоры об инновационной экономике — болтовня".
Январь 2007 года — Минфин предлагает в 2008 году создать новый бюджетный фонд, дополняющий уже существующие стабфонд и инвестфонд,— фонд для финансирования внеплановых социальных обязательств государства.
24 сентября 2007 года Алексей Кудрин назначен заместителем председателя правительства и министром финансов в правительстве Виктора Зубкова (до 7 мая 2008 года).
12 мая 2008 года Алексей Кудрин назначен вице-премьером, министром финансов в правительстве Владимира Путина.
Август 2008 года — Минфин провел валоризацию пенсий в рамках пенсионной реформы (см. проекты).
Октябрь 2009 года — Минфин одобрил выделение бюджетного кредита Москве в 16,5 млрд руб. Многолетний конфликт мэра Москвы Юрия Лужкова и Алексея Кудрина стал во многом причиной отставки первого спустя год.
Май 2010 года — Минфин подготовил новый вариант бюджетной реформы — Программу повышения эффективности бюджетных расходов на период до 2012 года.
Февраль 2011 года — резкая публичная критика двух президентских программ — госпрограммы вооружения до 2020 года и сокращения страховых взносов с 34% до 26% — послужила формальным объяснением отставки Алексея Кудрина.