По данным Роспотребнадзора, в 2010 году в России было зарегистрировано 3094 случая клещевого вирусного энцефалита, в том числе 455 (14,7%) среди детей до 17 лет. Из числа зарегистрированных случаев 44 закончились летальным исходом. За сезон 2010 года по поводу присасывания клещей в органы здравоохранения обратилось более 455 тысяч человек в 69 субъектах РФ, из них более 102 тысяч детей. В последние 15 лет происходило повсеместное увеличение численности и расширение ареала иксодовых клещей, в 2010 году 1113 муниципальных образований в 46 субъектах Российской Федерации были отнесены к эндемичным территориям. Самыми неблагополучными регионами, где уровень заболеваемости превышал средние показатели по России (2,18 на 100 тысяч населения), в 2010 году стали Костромская, Архангельская, Вологодская, Кировская, Курганская, Томская, Тюменская области, республики Карелия, Алтай, Бурятия, Хакасия, Удмуртская Республика, Красноярский и Пермский край.
В России максимальные вспышки заболеваемости были в 1996 и 1999 годах: 10-11 тысяч заболевших в год.
По данным на 8 июня 2011 года, в текущем году зарегистрирован 141 случай заболевания клещевым вирусным энцефалитом, из них подтвержденных лабораторно — 127. В 64 субъектах РФ в лечебно-профилактические учреждения обратились более 217 тысяч человек, пострадавших от укусов клещей, в том числе более 42 тысяч детей.