Первое обвинительное заключение в отношении Ратко Младича было утверждено 25 июля 1995 года. Тогда это было объединенное обвинение против Младича и Радована Караджича.
Младич (как и Караджич) обвинялся в "геноциде и других преступлениях, совершенных в отношении гражданских лиц по всей территории Боснии и Герцеговины". Второе обвинительное заключение, утвержденное 16 ноября 1995 года, касалось исключительно событий, происшедших в городе Сребреница в июле 1995 года. В 1996 году оба обвинительных заключения были объединены в одно, затем несколько раз изменялись и дополнялись. В октябре 2009 года обвинения против Ратко Младича были выделены в отдельное обвинительное заключение за номером IT-09-92.
Прокурор Международного трибунала по бывшей Югославии обвиняет Младича в том, что он был членом объединенной преступной группировки, целью которой было истребление или изгнание навечно боснийских мусульман, хорватов и других несербов со значительной территории Боснии и Герцеговины. Под объединенной преступной группировкой прокурор имеет в виду в данном случае политическое и военное руководство Сербской республики Боснии и Герцеговины, позднее получившей название Республики Сербской, образование которой было провозглашено 9 января 1992 года:
"С мая 1992 года силы боснийских сербов под началом и контролем Младича устраивали артобстрелы и обстрелы из легкого огнестрельного оружия, в качестве мишеней используя зоны проживания гражданского населения (в Сараево.— "Власть")... убивая и раня мирное население и насаждая страх".
После создания вооруженных сил Республики Сербской (Воjска Републике Српске, ВРС) в мае 1992 года Младич стал начальником главного штаба вооруженных сил.
Начиная с мая 1992 года, как указывается в обвинительном заключении, ВРС под контролем и руководством Младича начали кампанию насильственной депортации тысяч несербов из ряда районов Боснии и Герцеговины, в основном на северо-западе (Сербская Краина) и на востоке страны. Многие несербские жители этих районов были убиты или отправлены в заключение, где их подвергали физическим и моральным мучениям и содержали в жестоких и негуманных условиях. Кроме того, принадлежащие несербам дома, предприятия и религиозные сооружения подвергались грабежам, разрушению и (или) конфискации.
Между 12 и 20 июля 1995 года, говорится в обвинительном заключении, тысячи боснийских мусульман были захвачены или сдались в плен силам, находившимся под командованием и контролем Младича в анклаве Сребреница, куда мусульмане бежали от преследований еще в 1992-1993 годах. Более 7 тыс. боснийских мусульман было казнено без суда и следствия в период с 13 по 19 июля 1995 года. С 1 августа примерно по 1 ноября 1995 года подразделения ВРС под командованием и контролем Младича принимали участие в организованных и широкомасштабных действиях по сокрытию убийств и казней боснийских мусульман в Сребренице путем перезахоронения в изолированных местах тел, эксгумированных из массовых захоронений.
В обвинительном заключении указывается, что в качестве командующего главным штабом ВРС Ратко Младич был самым старшим офицером ВРС, подчиненным только президенту Республики Сербской и главнокомандующему ВРС Радовану Караджичу. Он контролировал работу главного штаба; принимал решения для членов главного штаба и подчиненных ему формирований; распределял задачи среди подчиненных; издавал приказы, инструкции и директивы. Он нес личную ответственность за то, чтобы боснийские силы под его командованием и контролем уважали и применяли нормы международного права, касающиеся ведения боевых действий. Кроме того, в обвинительном заключении говорится, что Младич знал, что преступления, указанные в обвинительном заключении, должны свершиться или уже совершены его подчиненными, и не принял необходимых и разумных мер для предотвращения этого или для наказания виновных.
В настоящее время обвинительное заключение Младичу содержит 15 пунктов обвинения: геноцид, пособничество геноциду, незаконное преследование по политическим, расовым и религиозным причинам, убийство (4 пункта), истребление населения, депортация, негуманное обращение, незаконное устрашение гражданских лиц, жестокое обращение, негуманные действия, нападения на гражданских лиц, захват заложников.