Май 1998 года — конфликт с РАО ЕЭС. Счетная палата объявила незаконным внеочередное собрание акционеров РАО "ЕЭС России". В результате оказывалось нелигитимным и принятое советом директоров решение о назначении председателем правления компании Анатолия Чубайса. Несмотря на требования Госдумы, решения собрания акционеров не были аннулированы.
Ноябрь 1998 года — конфликт с руководством Калмыкии. После проверок Счетной палаты Кирсан Илюмжинов заявил, что республику "сознательно выталкивают из состава Российской Федерации", и он намерен "жестко поставить вопрос... нужна ли Калмыкия России и Россия — Калмыкии?"
Данное заявление рассматривалось на специальном заседании Совета безопасности РФ. В результате Калмыкия осталась в России, а Счетная палата свои проверки ограничила.
Апрель 1999 года — конфликт с ЦБ. Счетная палата обратилась в суд с иском о признании незаконным решения Центробанка засекретить акт проверки этого ведомства Счетной палатой, проведенной в конце 1998 года.
В июле 1999 года Генпрокуратура прекратила уголовное дело о нецелевом использовании госсредств ЦБ "за отсутствием состава преступления". В октябре 1999 года Мосгорсуд удовлетворил иск Счетной палаты, признав приказы Виктора Геращенко о засекречивании структуры золотовалютных резервов и размеров зарплаты руководства ЦБ незаконными.
Декабрь 1999 года — конфликт с ОРТ. Хачим Кармоков с разрешения Госдумы направил в адрес восьми банков предписания с требованием приостановить все операции по счетам ОРТ. Было заморожено 58 счетов.
Но деятельность ОРТ прекращена не была, Счетная палата так и не добилась права произвести проверку.
Март 2000 года — конфликт с Эрмитажем. Счетная палата выявила нецелевое использование средств (33 млн руб.), упущенную выгоду от участия в зарубежных выставках, а также нарушение правил хранения экспонатов.
Министр культуры Михаил Швыдкой и директор Эрмитажа Михаил Пиотровский отвергли все обвинения.