В январе 2001 года Генпрокуратура обвинила бывшего заместителя главы Госкомрыболовства Михаила Дементьева в превышении полномочий при выделении квот на вылов. 20 февраля 2002 года он был приговорен к пяти годам лишения свободы, ущерб от его действий оценен в $1,5 млн. Тогда же СМИ сообщали, что часть квот 2000 года досталась фирмам, принадлежавшим знакомым главы Госкомрыболовства Юрия Синельника. 17 января 2001 он покинул пост "в связи с переходом на другую работу", но нового назначения не получил.
25 ноября 2002 года Генпрокуратура в рамках расследования убийства губернатора Магаданской области Валентина Цветкова возбудила так называемое крабовое дело. Среди обвиняемых оказались заместители главы Госкомрыболовства Юрий Москальцов и Леонид Холод. По версии следствия, чиновники незаконно увеличили квоты на вылов в научных целях в Охотском море краба и трубача, нанеся государству ущерб на сумму $38,5 млн. Позже с господина Холода обвинения сняли, а Юрий Москальцов 13 апреля 2004 года получил четыре года колонии. 24 августа 2004 года Верховный суд заменил ему срок на условный.
3 июня 2006 года был задержан председатель ликвидационной комиссии Госкомрыболовства Александр Тугушев. Чиновник и три его сообщника за $3,7 млн обещали компании "Поллукс" дополнительные квоты на вылов, но обещания не выполнили, а деньги присвоили. 15 февраля 2007 года Александр Тугушев получил шесть лет колонии.
23 апреля 2010 года стало известно, что следственное управление СКП по Москве подозревает в получении взятки помощника руководителя Росрыболовства Игоря Бакулина. По версии следствия, чиновник вымогал $250 тыс. у сахалинского предпринимателя под предлогом содействия в выигрыше тендера на вылов лосося.