Вице-президент НК ЮКОС Василий Алексанян был задержан в Москве 31 марта 2006 года. По версии следствия, возглавляя в 1998-1999 годах правовое управление компании, он участвовал в хищении имущества Восточной нефтяной компании и "Томскнефти" на сумму 12 млрд руб. 7 апреля Басманный суд Москвы санкционировал его арест. В СИЗО "Матросская Тишина" господин Алексанян объявил голодовку, а 11 апреля за отказ от медосмотра был помещен на десять суток в карцер.
31 мая 2006 года стало известно о серьезных проблемах господина Алексаняна со здоровьем. Осенью врачебный консилиум выявил у него туберкулез, потерю зрения, ВИЧ и рак лимфатической системы. После этого Европейский суд по правам человека трижды указал на необходимость госпитализации обвиняемого, однако его продолжали держать в СИЗО.
9 января 2007 года Генпрокуратура завершила расследование дела, Василий Алексанян приступил к ознакомлению с его материалами. В 2008 году началась широкая общественная кампания по защите прав обвиняемого. Бывший глава ЮКОСа Михаил Ходорковский провел 12-дневную голодовку, в Москве и регионах прошли уличные акции, с заявлениями в поддержку господина Алексаняна выступили депутаты Европарламента, политические и общественные деятели.
Рассмотрение дела по существу началось 5 февраля 2008 года в Симоновском суде Москвы, который на следующий день приостановил процесс для лечения обвиняемого, но не отменил его арест. 7 февраля ФСИН заявила о госпитализации господина Алексаняна. Адвокаты сообщили, что в 60-й горбольнице его "приковали за руку цепью к кровати". 8 декабря суд принял решение об освобождении экс-менеджера ЮКОСа под залог в 50 млн руб. 30 декабря арест был снят, 12 января 2009 года обвиняемый был переведен на домашний режим лечения.
21 сентября 2009 года в суде были обнародованы результаты медицинской экспертизы, согласно которым личное участие в процессе может повлечь для господина Алексаняна тяжкие последствия. 10 июня 2010 года защита заявила ходатайство о прекращении дела в связи с истечением срока давности.