За участие в беспорядках в Кондопоге 1-2 сентября 2006 года были задержаны более 220 человек: 199 привлечены к административной ответственности (в том числе 47 арестованы на 15 суток), 12 активных участников погромов получили в 2007 году по три года лишения свободы условно.
2 сентября и 2 ноября 2006 года взяты под стражу зачинщики драки в кафе "Чайка" ранее судимые Сергей Мозгалев и Юрий Плиев. 27 марта 2007 года за хулиганство и нанесение побоев горсуд Кондопоги приговорил их к трем с половиной годам и восьми месяцам лишения свободы соответственно.
4 сентября 2006 года были задержаны шестеро кавказцев, участвовавших в драке в "Чайке": Ислам Магомадов, Асламбек Баканаев, Магомед Камилов, Магомед Ахмадов, Герихан Магомадов и Саид-Магомед Эдильсултанов. Первого обвинили в убийстве двух кондопожан, остальных — в хулиганстве и умышленном причинении вреда здоровью. 7 августа 2007 года дело начал рассматривать верховный суд Карелии, однако 27 сентября его вернули в прокуратуру для устранения ошибок в переводе обвинения на чеченский язык. Во время повторного процесса, начавшегося 21 июля 2008 года, обвиняемые неоднократно заявляли отводы прокурору, требовали переводчика и возврата дела в прокуратуру. Никто из них свою вину не признал.
В ноябре 2006 года прокуратура Карелии возбудила дело против лидера Движения против нелегальной иммиграции Александра Поткина (Белова) по ст. 282 (возбуждение ненависти либо вражды). Поводом послужили его выступления 8 и 9 сентября на телеканалах "ТВ Центр" и РЕН ТВ, в которых он заявил, что чеченцы "убивали всех, кто там находился, резали, отрезали уши, глаза выкололи парню..." 23 мая 2007 года дело прекращено за отсутствием состава преступления.
В феврале--марте 2007 года в "халатности, повлекшей по неосторожности смерть двух и более лиц", прокуратурой Карелии обвинены заместитель начальника милиции общественной безопасности республики Виктор Высоких, бывший начальник кондопожского ГОВД Александр Чечельницкий и дежурный ГОВД Алексей Костин. 20 декабря 2007 года милиционер Костин приговорен к четырем годам условно (позже срок сокращен до трех с половиной лет). Господа Высоких и Чечельницкий оправданы в 2008 году коллегией присяжных верховного суда Карелии.