13 августа 2000 года сотрудники Государственного таможенного комитета (ГТК) закрыли мебельный магазин "Три кита" и арестовали партию мебели, поставленную компанией ООО "Бастион" и ООО "Лига Марс". Поставщиков обвинили в контрабанде 400 тонн мебели. 7 сентября ГУВД Московской области возбудило дело о контрабанде через ООО "Лига Марс", а в октябре дело передали в следственный комитет МВД РФ.
В ноябре 2000 года Генпрокуратура затребовала дело на проверку и спустя шесть месяцев расследования закрыла. Руководителю следственной группы МВД Павлу Зайцеву предъявили обвинение в превышении полномочий. В сентябре 2001 года аналогичные обвинения предъявлены Генпрокуратурой первому заместителю главы управления таможенных расследований ГТК Марату Файзулину и начальнику таможенной инспекции Александру Волкову.
15 октября 2001 года ГТК заявил о раскрытии контрабандного канала мебели, организованного владельцем "Трех китов" Сергеем Зуевым. В марте 2002 года на основании депутатского запроса Генпрокуратура возобновила контрабандное дело. Его на личный контроль взял президент Владимир Путин, поручивший расследование прокурору из Ленинградской области Владимиру Лоскутову.
В июне 2003 года суд оправдал господ Файзулина и Волкова. В ноябре следователь Зайцев получил два года условно. Судья Мосгорсуда Ольга Кудешкина, отказавшаяся вынести ему обвинительный приговор, была уволена после заявления о давлении со стороны руководства суда.
В июне 2006 года арестованы Сергей Зуев и еще четверо предпринимателей, позже задержаны еще четверо.
13 сентября 2006 года Генпрокуратура сообщила, что в связи с делом "Трех китов" отстранены 19 чиновников. 5 октября 2007 года по подозрению в получении взяток арестован глава департамента ФСКН Александр Бульбов и двое его подчиненных. Свое преследование они назвали "местью" ФСБ за оперативное обеспечение дела "Трех китов".
25 декабря 2007 года Генпрокуратура передала дело в Наро-Фоминский горсуд Московской области. 12 мая 2008 года начались слушания по существу. 6 октября 2009 года прокуратура сняла обвинения в уклонении от уплаты таможенных пошлин, поскольку истек срок давности по этой статье. 19 марта 2010 года началось оглашение приговора.