В двадцатых числах сентября Лебедь впервые заговорил о возможном альянсе с бывшим шефом СБП Александром Коржаковым. Он патриот, и уголовных дел за ним не числится, сказал секретарь Совета безопасности, похоже, невольно, подсказав дальнейший ход событий.
В ближайшем же выпуске "Итогов" Лебедя обвинили в том, что он прикрывает коррумпированных чиновников — ставленников Коржакова из "Росвооружения".
2 октября, министр ВД Анатолий Куликов неожиданно атаковал секретаря СБ в Думе: Лебедь предал интересы России, хасавюртские соглашения — фикция, прикрывающая односторонние унизительные уступки сепаратистам.
В тот же день депутаты ГД передали в Конституционный суд запрос о соответствии Конституции РФ соглашений, подписанных Лебедем и Масхадовым. В защиту миротворца выступил только Григорий Явлинский.
Лебедь предложил выложить все карты на закрытых слушаниях по Чечне обеих палат парламента.
В тот же день Борис Ельцин лишил секретаря СБ одной из функций — председателя комиссии по высшим должностным званиям в армии, передав ее секретарю Совета обороны Юрию Батурину за два дня до первого заседания СО. Лебедь был против и заявил, что уйдет в отставку. Президент его в отставку не отпустил, однако дал понять в своем теле- и радиообращении, что такое заявление было.
В тот же день подписано Положение об администрации президента, в соответствии с которым, в частности, секретарь СБ лишен права самостоятельно назначать своих сотрудников. Эта функция переходит к Анатолию Чубайсу, который "назначает на должность и освобождает от должности работников аппарата Совета безопасности... по представлению секретаря Совета безопасности".
В тот же день Чубайс дал пресс-конференцию, на которой отметил чрезмерную скромность Черномырдина в отличие от чрезмерной публичности Лебедя и обозначил жест: президент, надо надеяться, останется на своем посту до конца срока, и "мы все вместе должны очень много сделать — я имею в виду и Александра Ивановича Лебедя, и Виктора Степановича Черномырдина, и, если позволите, вашего покорного слугу".
4 октября СО прошел в отсутствии Александра Лебедя, который по официальной версии работал с документами по Чечне.
5 октября секретарь СО Батурин дал пресс-конференцию, где заявил, что хасавюртские соглашения "имеют недостаточный юридический статус" и призвал немедленно приступать к решению вопроса о статусе Чечни, несмотря на то что в хасавюртских соглашениях на решение этой проблемы отводится 5 лет.
6 октября аналитические воскресные программы РТВ и НТВ выступили с резкой критикой в адрес Лебедя. "Итоги" дали интервью бывшего шефа НФС Федорова, обвинившего Коржакова в вымогательстве у него 40 миллионов долларов.
7 октября ОРТ повторило интервью с Федоровым.
В тот же день Анатолий Куликов на пресс-конференции обвинил Лебедя в сращивании с криминальными силами в лице Сергея Дробуша, исполнявшего поручения секретаря СБ в Чечне. По словам министра, на Дробуша заведено уголовное дело по фактам хищений в особо крупных размерах.
8 октября на СФ Куликов заявил, что между завизированными в Москве текстами договоренностей федерального центра с чеченскими сепаратистами и теми документами, что реально были подписаны в Хасавюрте, существует значительная разница. С его слов, эту точку зрения разделяет генеральный прокурор Скуратов.
Там же и тогда же Виктор Черномырдин подтвердил, что все документы, подписанные в Хасавюрте, а также на последних переговорах в Москве с руководством чеченской оппозиции, "носят рамочный характер". Что же касается нападок Куликова на Лебедя, то, как сказал Черномырдин, это остается на совести министра.
В ночь с 8 на 9 октября в здании госкомпании "Росвооружение" обнаружена и обезврежена мина.
9 октября Генпрокуратура занялась проверкой заявления бывшего руководителя НФС Бориса Федорова, обвинившего в вымогательстве бывшего начальника СБП Александра Коржакова. Делом будет заниматься лично генеральный прокурор.
10 октября агентства получили "извещение" о пресс-конференции Коржакова с припиской, что последний может быть в любой момент арестован. Вечером того же дня генпрокурор Скуратов заявил, что Коржаков вызывается в прокуратуру в качестве свидетеля по делу о полумиллионах долларов, которые выносили Лисовский с Евстафьевым из Белого дома. К тому же прокуратура намерена вместе с Коржаковым разобраться с его интервью в журнале "Лица" и решить, открывать ли дело в связи с Березовским, который, по словам бывшего шефа СБП, предлагал убить Гусинского. Прокуратура намерена также выяснить у Коржакова происхождение компрометирующих материалов, которыми он располагает, а также обстоятельства исчезновения части архивных материалов СБП.