1 июня 1993 г. Таможенных льгот и привилегий лишились все российские СЭЗ в связи с принятием закона "О таможенном тарифе". Однако Калининградской области удалось сохранить свои привилегии. Постановлением о введении в действие закона "О таможенном тарифе" парламент закрепил за СЭЗ "Янтарь" таможенные льготы.
Март 1995 г. С выходом президентского указа "О признании утратившими силу и об отмене решений президента РФ в части предоставления таможенных льгот" Калининградская область фактически была лишена статуса СЭЗ, и таможенные льготы на ее территории перестали действовать.
Апрель 1995 г. Руководство Калининградской области разрабатывает и представляет на рассмотрение российских ведомств проект федерального закона "Об особой экономической зоне в Калининградской области".
Октябрь 1995 г. Несмотря на получение отрицательных отзывов на законопроект от российских министерств и ведомств, он принимается в первом чтении Госдумой.