Многие региональные чиновники и губернаторы, получив посты при поддержке КПРФ, вскоре приостанавливали членство или уходили из партии. В 1994 году первый зампред исполкома московской ячейки Валерий Шанцев (сейчас глава Нижегородской области) после назначения префектом Южного административного округа Москвы временно вышел из КПРФ и так и не вернулся в партию. В 1998-1999 годах депутат Госдумы от Компартии Геннадий Ходырев также прекращал членство на время работы министром по антимонопольной политике и поддержке предпринимательства. В 2001 году сразу после избрания губернатором Нижегородской области он вновь приостановил членство, а в 2002 году окончательно покинул КПРФ, заявив, что "давно не удовлетворен стилем и методом" управления лидера партии Геннадия Зюганова. В 2005 году волгоградский губернатор Николай Максюта через полгода после избрания на третий срок объявил о желании стать беспартийным: "Отныне партийные принципы не будут для меня определяющими". В марте 2005 года через месяц после утверждения губернатором Курской области Александр Михайлов вышел из КПРФ и вступил в "Единую Россию". Свое решение он мотивировал желанием "продолжать дальше работать в унисон с политикой руководства страны". В мае 2007 года выборы мэра Волгограда выиграл коммунист Роман Гребенников, через несколько дней он возглавил городской штаб "Единой России" по выборам в Госдуму.
В ряде случаев сама партия отлучала людей, получивших посты в исполнительной власти. Так, в январе 1995 года член думской фракции КПРФ Валентин Ковалев был исключен из партии после назначения министром юстиции. В июле 1998 года, несмотря на запрет руководства Компартии, председатель комитета Госдумы по экономической политике Юрий Маслюков возглавил Министерство промышленности и торговли и был вынужден приостановить членство в КПРФ.