Родился 10 января 1980 года. В 2002 году окончил Институт прокуратуры Московской государственной юридической академии и поступил на службу в органы прокуратуры Москвы. Одновременно в 2005 году окончил аспирантуру кафедры уголовного права, уголовного процесса и криминалистики международно-правового факультета МГИМО, защитил диссертацию кандидата юридических наук на тему "Полномочия прокурора и их реализация в состязательном уголовном судопроизводстве". В 2007 году окончил финансово-экономический факультет Московской финансово-юридической академии, где с 2004 года преподавал.
На своей странице в интернет-сообществе "Вконтакте.ру" (vkontakte.ru) прокурор Трофимов сообщил о себе следующее: женат, политические взгляды — "умеренные", религиозные взгляды — "христианские", сам — "неплохой". 26 апреля 2008 года газета "Московская правда" опубликовала интервью с Вячеславом Трофимовым под заголовком "Заслон для коррупционеров", в котором он заявил: "Пока еще рано делать выводы об увеличении или снижении количества уголовных дел по фактам взяточничества. Но что не меньше их стало — это точно".
Происходит из семьи прокуроров. Его отец Олег Трофимов с декабря 1999-го по август 2002 года был прокурором Хакасии, затем до октября 2007 года возглавлял управление Росрегистрации по Москве. Старший брат Игорь — прокурор Юго-Западного административного округа Москвы.