20 марта 2008 года председатель следственного комитета при прокуратуре РФ (СКП) Александр Бастрыкин временно отстранил от должности руководителя главного следственного управления (ГСУ) СКП Дмитрия Довгия. Поводом стала служебная проверка в связи с обращением в администрацию президента следователей по особо важным делам Зигмунда Ложиса и Сергея Чернышова, обвинивших господина Довгия в коррупции и должностных злоупотреблениях. Коррупционную составляющую следователи усмотрели в предложении выйти под залог, сделанного главой ГСУ бывшему председателю правления ОАО "Национальный банк "Траст"" Олегу Коляде, одному из обвиняемых по делу о хищении денег у "Томскнефти". Господин Коляда позже заявил, что ни он сам, ни его защита не передавали следователям деньги за освобождение.
31 марта Дмитрий Довгий, уехавший на время служебной проверки в Санкт-Петербург, сообщил, что за ним незаконно ведется слежка. Он написал заявление в прокуратуру.
3 апреля глава пресс-службы СКП Владимир Маркин сообщил "Ъ", что проверяющие не станут искать в действиях главы ГСУ какого-либо криминала, а лишь установят, насколько он соблюдал закон и ведомственные приказы при исполнении служебных обязанностей. В тот же день "Известия" опубликовали интервью Дмитрия Довгия, в котором он назвал имена заказчиков убийства Анны Политковской — политэмигрантов Бориса Березовского и Хож-Ахмеда Нухаева.
21 апреля глава СК Александр Бастрыкин подписал приказ об увольнении Дмитрия Довгия по результатам служебной проверки. Ему инкриминировалось "несоблюдение ограничений и неисполнение обязанностей, связанных со службой". Кроме того, в интервью "Известиям" он разгласил "конфиденциальные" сведения. Позже стало известно, что по результатам служебных проверок также уволены трое его подчиненных — первый заместитель Алексей Новиков, начальник отдела Сергей Глухих и следователь по особо важным делам Юрий Ермаков.
13 мая Дмитрий Довгий подал в Басманный суд иск о восстановлении на работе и потребовал взыскать с СК среднюю зарплату за время вынужденного прогула и компенсацию морального вреда. 3 июня иск был перенаправлен в Мосгорсуд, поскольку материалы служебной проверки относятся к гостайне.