13 августа 2000 года сотрудники Государственного таможенного комитета (ГТК) арестовали партию мебели в торговом центре "Три кита". Делом о ее контрабанде занялся следственный комитет (СК) при МВД РФ.
В ноябре 2000 года это дело взяла на проверку и прекратила Генпрокуратура. Руководителю следственной группы СК при МВД Павлу Зайцеву предъявили обвинение в превышении должностных полномочий. В сентябре 2001 года аналогичные обвинения предъявлены Генпрокуратурой первому заместителю главы управления таможенных расследований ГТК Марату Файзулину и начальнику таможенной инспекции Александру Волкову. 15 октября 2001 года ГТК заявил о раскрытии контрабандного канала мебели, организованного Сергеем Зуевым.
В марте 2002 года Генпрокуратура возобновила контрабандное дело. Его на личный контроль взял президент Владимир Путин, поручивший расследование прокурору из Ленинградской области Владимиру Лоскутову.
В июне 2003 года суд оправдал господ Файзулина и Волкова. В ноябре следователь Павел Зайцев получил два года условно. Судья Мосгорсуда Ольга Кудешкина, отказавшаяся вынести ему обвинительный приговор, была уволена после заявления о давлении на нее со стороны руководства суда.
В июне 2006 года арестованы Сергей Зуев и еще четверо предпринимателей. Позже задержаны еще четверо предполагаемых контрабандистов. 13 сентября 2006 года Генпрокуратура сообщила, что в связи с делом "Трех китов" отстранены от службы 19 чиновников, включая высокопоставленных сотрудников ФСБ. Имена не назывались.
5 октября 2007 года по подозрению в получении взяток арестован начальник департамента ФСКН Александр Бульбов и еще два офицера этого ведомства. Свое преследование они назвали "местью" ФСБ за их активное участие в оперативном обеспечении, в частности, дела "Трех китов".
28 ноября 2007 года адвокаты одного из обвиняемых в мебельной контрабанде Андрея Саенко заявили, что их подзащитный является "сотрудником спецслужб", и ходатайствовали о проведении процесса в закрытом режиме. Суд ответил отказом.