Созданную 18 декабря 1991 года Службу внешней разведки (СВР) России возглавил Евгений Примаков, до этого руководивший Первым главным управлением (ПГУ, внешняя разведка) КГБ СССР. Всю материальную базу, кадры и агентуру СВР унаследовала от ПГУ. Господин Примаков сумел избежать развала разведки, сократив ее штаты и закрыв резидентуры в ряде стран. При нем был принят закон РФ "О внешней разведке", регламентирующий ее деятельность. Спецслужба рассекретила ряд архивных материалов и начала выступать с докладами по актуальным проблемам международной политики. Сам Евгений Примаков считался "ястребом" в руководстве РФ в противовес прозападно настроенному министру иностранных дел Андрею Козыреву. За три года, пока господин Примаков руководил СВР, произошел ряд крупных провалов: бежали на Запад несколько офицеров разведки, были раскрыты агенты СВР в Британии (сотрудник оборонной фирмы GEC Marconi Майкл Смит) и США (офицер ЦРУ Олдрич Эймс).
10 января 1995 года Евгений Примаков назначен министром иностранных дел России и стал первым разведчиком, занявшим этот пост. Место главы СВР занял его первый заместитель Вячеслав Трубников. Он продолжил линию прежнего руководства. Количество перебежчиков из разведки уменьшилось, однако провалы продолжались: в США арестовали экс-сотрудников Агентства национальной безопасности Роберта Липку и Дэвида Буна, работников ФБР Эрла Питтса и ЦРУ Гарольда Николсона. В 1996 году в Канаде задержали нелегалов СВР супругов Дмитрия и Елену Ольшанских. Сам господин Трубников в 1998 году получил высшее в России воинское звание генерала армии.
20 мая 2000 года директором СВР стал Сергей Лебедев, до этого возглавлявший представительство СВР в США. Он был знаком с новым президентом РФ Владимиром Путиным с 1980-х годов, когда оба работали в подразделениях ПГУ в Восточной Германии. Вячеслав Трубников перешел в МИД на должность первого заместителя министра. При новом директоре западные СМИ начали выражать обеспокоенность активизацией работы СВР и ростом числа российских разведчиков. Косвенно это подтверждают участившиеся высылки из зарубежных стран сотрудников СВР, работавших в посольствах РФ под прикрытием. Продолжились и провалы: в Соединенных Штатах за шпионаж в пользу РФ были арестованы полковник армии США Джордж Трофимофф и сотрудник ФБР Роберт Ханссен. Кроме того, при господине Лебедеве был раскрыт работавший на спецслужбы США полковник СВР Александр Запорожский.