16 апреля 2001 года УФСНП по Москве предъявило обвинение главному бухгалтеру телекомпании ТНТ Елене Метликиной по ч. 2 ст. 199 УК РФ ("Уклонение от уплаты налогов группой лиц по предварительному сговору"). По данным следствия, в 2000 году телекомпания не уплатила налог на имущество в размере 191 тыс. руб. Представители ТНТ заявляли, что долг погашен в полном объеме. Об итогах следствия не сообщалось.
В мае 2002 года Воронежское управление ФСНП возбудило дело против бывшего внешнего управляющего ОАО "Воронежшина" Олега Терехова. Налоговики установили, что налоговая задолженность предприятия за 2001 год составляет 50 млн руб. 2 апреля 2003 года Левобережный суд Воронежа приговорил Терехова к двум годам условно. Однако вышестоящая инстанция отменила приговор.
30 июля 2002 года Восточный райсуд города Бийска (Алтайский край) приговорил директора Бийского спиртзавода Виктора Мишина к трем годам условно по обвинению в неуплате налогов. По данным следствия, в результате махинаций господина Мишина в бюджет не поступило более 50 млрд неденоминированных рублей. Однако осужденный директор попал под амнистию и был освобожден от наказания.
29 июля 2003 года председателю совета директоров МФО МЕНАТЕП Платону Лебедеву Генпрокуратурой предъявлены обвинения по ч. 2 ст. 199 УК РФ. Аналогичные обвинения 25 октября 2003 года предъявлены председателю правления НК ЮКОС Михаилу Ходорковскому. 31 мая 2005 года Мещанский суд Москвы приговорил их к девяти годам тюрьмы. 22 сентября 2005 года Мосгорсуд снизил срок до восьми лет.
По этой же статье привлекались и руководители ряда связанных с ЮКОСом компаний. В ноябре 2003 года прокуратура Самарской области обвинила управляющего "Самаранефтегаза" Павла Анисимова и главбуха Елену Марочкину (оба возместили ущерб, производство по делу госпожи Марочкиной прекращено, дело господина Анисимова рассматривается в суде). 21 января 2004 года в Самаре арестован экс-гендиректор Куйбышевского НПЗ Рафаиль Зайнуллин (после погашения долга дело прекращено). 31 января 2004 года обвинения предъявлены гендиректору Новокуйбышевского НПЗ Семену Михайлову (после уплаты долга дело прекращено). В сентябре 2004 года обвинили гендиректора бухгалтерской фирмы ЮКОС-ФБЦ Ирину Голубь (расследование продолжается).