2 марта 2001 года в селении Далаково близ Назрани (Ингушетия) ФСБ провела операцию по задержанию Хасана Гаракоева, которого подозревали в похищениях людей и бандитизме. Чекисты ворвались в его дом и открыли огонь. Были убиты брат и четырехлетняя племянница Гаракоева. Его мать и сотрудник ФСБ получили ранения. Хасан Гаракоев скрылся.
25 октября 2003 года в селе Нагорное Грозненского района Чечни проведена спецоперация по захвату двух молодых людей, заподозренных в сотрудничестве с боевиками. Прибыв в село, военные блокировали дом, в котором находились подозреваемые, и открыли стрельбу по квартирам. Кроме самих подозреваемых были убиты женщина и 19-летний юноша.
2 марта 2004 года в селении Альтиево Назрановского района Ингушетии федеральные силы уничтожили боевика Ахмеда Шамсадова. Военные заблокировали выезд из тоннеля и обстреляли автомобиль ВАЗ-2106, в котором он находился. В перестрелке пострадала еще одна машина, водитель которой получил серьезные ранения, а пассажирка через три дня скончалась от ран.
28 июля 2004 года федеральные силы блокировали в нежилом доме на окраине Аргуна (Чечня) бандгруппу из 15 человек. Боевики взяли заложников и пытались скрыться, прикрываясь людьми. Погибли трое милиционеров, пятеро боевиков и мирный житель, случайно оказавшийся на месте перестрелки.
25 января 2005 года семь членов джамаата "Ярмук" забаррикадировались в двух квартирах в жилом доме Нальчика (Кабардино-Балкария). 27 января проведен штурм, боевики были уничтожены. В СМИ появилась информация о том, что в результате операции погибла восьмимесячная дочь лидера "Ярмука" Муслима Атаева Лейла. В прокуратуре и МВД республики утверждают, что в осажденном доме девочки не было.
14 марта 2005 года в Хасавюртовском районе Дагестана проведена операция по обезвреживанию двух боевиков, захвативших частный дом, в котором кроме хозяина находились его жена и шестилетняя дочь. При штурме боевики были уничтожены, а девочка получила смертельные ранения.