13 мая 1981 года в Риме на площади Святого Петра турецкий террорист Мехмет Али Агджа ранил Иоанна Павла II из пистолета, повредив ему брюшную полость и кишечник. Понтифик был дважды прооперирован в клинике Gemelli и 3 июня выписан. В день выписки папа был бледен, однако смог дойти до машины.
В июле 1992 года врачи обнаружили у папы доброкачественную опухоль в области толстого кишечника и камни в желчном пузыре. 13 июля Иоанн Павел II был прооперирован в клинике Gemelli. Главный хирург Gemelli Аттилио Мазери сообщил журналистам, что "операция прошла наилучшим образом". 23 июля понтифика выписали.
11 ноября 1993 года во время одной из аудиенций в Ватикане папа запутался в полах облачения и, споткнувшись, сильно вывихнул правое плечо. В Gemelli плечо было вправлено под общим наркозом, вечером папа покинул клинику.
29 апреля 1994 года папа поскользнулся в ванной и сломал правое бедро. Понтифика госпитализировали в Gemelli и прооперировали под общим наркозом. При этом хирурги не ограничились вправкой сломанной кости, а вставили в пострадавшее бедро металлический штырь.
6 октября 1996 года Иоанн Павел II лег в Gemelli для удаления аппендикса. 8 октября врачи клиники сообщили, что операция прошла без осложнений. 15 октября папу выписали.
3 января 2001 года итальянский хирург-ортопед Джанфранко Финеччи, оперировавший папу в апреле 1994 года, объявил, что понтифик страдает болезнью Паркинсона. В ноябре 2003 года эту информацию подтвердили официальные представители Ватикана.
6 марта 2002 года лечащие врачи понтифика сообщили, что папа страдает от сильного артрита правого колена.
В сентябре 2003 года папа перенес кишечную инфекцию, которая вынудила его отменить назначенное на 23 сентября обращение к верующим на площади Святого Петра в Риме.
1 февраля 2005 года папа был госпитализирован в Gemelli с воспалением голосовых связок, вызванным гриппом. На следующий день Ватикан сообщил, что состояние понтифика стабилизировалось. 10 февраля его выписали.
24 февраля 2005 года папа снова попал в Gemelli — как пояснили в Ватикане, "в связи с обострением гриппозного синдрома". Иоанну Павлу II сделали операцию трахеотомии для облегчения дыхания. 13 марта он вернулся в Ватикан. 27 марта, в пасхальное воскресенье, папа появился перед верующими, однако не смог произнести ни слова; традиционное обращение Urbi et Orbi вместо него прочитал кардинал Анджело Содано.