Абу Бакр аль-Багдади родился в 1971 году в иракском городе Самарра. Окончил Багдадский университет, получил степень доктора истории и исламского права. До 2003 года проповедовал и преподавал исламское право в провинции Дияла в центральной части Ирака. После вторжения США в Ирак вступил в ряды повстанцев и начал воевать против международной коалиции, после чего присоединился к террористической группировке «Аль-Каида» и в 2005 году возглавил одну из ее группировок. По некоторым данным, с 2005 по 2009 год удерживался военными США в лагере Букка на границе с Кувейтом.
В 2010 году после смерти предыдущего лидера возглавил террористическую организацию «Исламское государство Ирака» (ИГИ). В 2013 году объединил ИГИ с сирийской группировкой джихадистов «Джебхат ан-Нусра» — новая организация получила название «Исламское государство в Ираке и Леванте» (ИГИЛ), однако вскоре «Джебхат ан-Нусра» отделилась, а аль-Багдади остался лидером ИГИЛ. В июне 2014 года принял решение об учреждении квазигосударства — «Исламского халифата» — и переименовал ИГИЛ в «Исламское государство» (запрещено в России). Тогда же произнес первую публичную речь и призвал всех мусульман объединиться под его руководством.
Неоднократно сообщалось о гибели аль-Багдади. В марте 2015 года СМИ заявили, что он получил тяжелые ранения и скончался в больнице в сирийской Ракке. В июне 2016 года сообщалось, что Абу Бакр аль-Багдади был убит в результате авиаудара антитеррористической коалиции, возглавляемой США. В декабре 2017 года СМИ сообщили о предположительном захвате аль-Багдади в Ираке. В июле 2017 года Сирийский центр мониторинга прав человека также заявлял о гибели лидера ИГ.