Николай Лебедев родился в 1966 году в Кишиневе. Свой первый фильм снял в 10 лет на кинокамеру, одолженную отцом у заводского приятеля. В 1991 году окончил факультет журналистики МГУ им. Ломоносова, в 1993 году — сценарно-киноведческий факультет ВГИКа им. Герасимова (мастерская В. Утилова). Во время учебы работал журналистом в молодежной прессе и на молдавском телевидении в качестве автора и ведущего. В 1995–1996 годах был режиссером и сценаристом детской телепрограммы «Улица Сезам» (НТВ, ОРТ). Наиболее известные режиссерские работы: «Змеиный источник» (1997), «Поклонник» (1999), «Звезда» (2002), «Волкодав из рода Серых Псов» (2006), «Легенда № 17» (2013), «Экипаж» (2016).