1 декабря 1995 года президент России Борис Ельцин подписал указ "О правовых гарантиях участникам незаконных вооруженных формирований в Чеченской республике, добровольно прекратившим противоправные действия". В рамках исполнения указа была создана комиссия по рассмотрению заявлений участников незаконных вооруженных формирований. Действие амнистии не распространялось на лиц, совершивших тяжкие преступления.
9 февраля 1996 года Госдума приняла постановление об объявлении амнистии чеченским боевикам, совершившим нападение в январе 1996 года на дагестанский город Кизляр и село Первомайское, при условии освобождения 12 новосибирских милиционеров, захваченных во время событий в Первомайском и удерживаемых на территории Чечни. 19 февраля 1996 года 12 новосибирских омоновцев были переданы российской стороне в обмен на 11 амнистированных боевиков.12 марта 1997 года (то есть после вывода федеральных войск из Чечни и избрания президентом Ичкерии Аслана Масхадова) Госдума приняла постановление "Об объявлении амнистии в отношении лиц, совершивших общественно опасные деяния в связи с вооруженным конфликтом в Чеченской республике". Документ распространялся на участников вооруженных столкновений в период с 9 декабря 1994 года по 31 декабря 1996 года (включая российских военнослужащих, самовольно оставивших свои части или отказавшихся от прохождения воинской службы в Чечне). Действие амнистии не распространялось на лиц, совершивших тяжкие преступления. Постановление действовало в течение шести месяцев, были амнистированы около 5 тыс. человек.
Еще одна амнистия была объявлена Госдумой 13 декабря 1999 года. Под амнистию попали участники незаконных формирований, совершившие преступления с 1 августа по 16 декабря 1999 года, прекратившие вооруженное сопротивление и добровольно сдавшие оружие до 1 февраля 2000 года (позднее срок был продлен до 15 мая 2000 года). По данным российского Генштаба, в рамках этой амнистии оружие сложили около 2,5 тыс. боевиков, из них 750 были амнистированы.