Виталий Мутко занимал пост президента Российского футбольного союза (РФС) с 2 апреля 2005 года по 24 ноября 2009 года, а затем с 2 сентября 2015 года. Об основных событиях в российском футболе, произошедших за время его президентства,— в справке “Ъ”.
В апреле 2005 года сборная России по футболу занимала в рейтинге ФИФА 33-е место. За время первого срока Виталия Мутко национальная сборная прибавила в рейтинге 20 позиций и на конец ноября 2009 года занимала уже 13-е место. В течение второго срока Виталия Мутко на посту главы РФС сборная потеряла в рейтинге ФИФА 33 позиции: в августе 2015 года она занимала 31-е место, в декабре 2017 года — 64-е.
В июне 2008 года сборная России добилась своего самого крупного успеха на чемпионатах Европы. Она заняла третье место, в четвертьфинале обыграв со счетом 3:1 сборную Голландии. В полуфинале россияне проиграли испанцам 0:3. Юношеская сборная России по футболу (до 17 лет) выиграла чемпионат Европы в 2006 году. На Евро-2016 сборная заняла последнее место в группе, проиграв Словакии и Уэльсу и сыграв вничью 1:1 со сборной Англии.
В мае 2009 года РФ официально вступила в борьбу за проведение чемпионата мира по футболу 2018 года. 2 декабря стало известно, что Россия впервые стала страной—хозяйкой ЧМ. Во втором туре голосования ФИФА Россия обошла совместные заявки Испании и Португалии, а также Бельгии и Голландии.
18 ноября 2009 года, за пять дней до отставки Виталия Мутко с поста главы РФС, сборная России не смогла выйти в финальную часть чемпионата мира 2010 года, проиграв в ответном стыковом матче сборной Словении.
В период работы Виталия Мутко на посту главы РФС российский клуб впервые в истории завоевал Кубок УЕФА — в мае 2005 года его обладателем стал московский ЦСКА. В мае 2008 года Кубок УЕФА выиграл «Зенит», обыграв шотландский «Рейнджерс» со счетом 2:0. В августе того же года «Зенит» обыграл «Манчестер Юнайтед» и завоевал Суперкубок УЕФА.
В 2010 году РФС реформировал систему проведения чемпионата страны. Вместо системы «весна-осень» была введена система «осень-весна». Сезон РФПЛ растянулся на два года: сейчас матчи стартуют в июле, а заканчиваются в мае.
В июле 2017 года Виталий Мутко сообщил, что лимит на легионеров в российском чемпионате будет увеличен с сезона-2018/19. Новый лимит предусматривает, что клубы не смогут заявлять на сезон более десяти иностранных футболистов, однако их число на поле ограничено не будет. По предыдущему лимиту на поле могли находиться одновременно не более шести иностранцев.