21 марта 1994 года в Администрации президента РФ был создан отдел по взаимодействию с партиями и общественными объединениями. В штате новой структуры числилось 15 человек, а возглавил ее Валерий Щегорцов. Однако 23 августа того же года Борис Ельцин ликвидировал отдел и организовал управление Администрации президента РФ по взаимодействию с политическими партиями, общественными объединениями, фракциями и депутатами палат ФС РФ. Его возглавил руководитель подразделения по связям с органами власти, общественностью и СМИ Министерства топлива и энергетики РФ Андрей Логинов, который занимал этот пост до 2000 года. За это время в администрации президента сменились семь кураторов этого управления и название самой структуры (с 1997 года — управление президента РФ по вопросам внутренней политики).
Согласно указу от 1994 года, управление находилось в подчинении "профильного" помощника президента РФ. На тот момент вопросами политики занимался Анатолий Корабельщиков, а связями с парламентом — Георгий Сатаров. Однако 15 октября 1996 года оперативное руководство подразделением было передано заместителям руководителя Администрации президента РФ.
В августе 1996 года эту должность занял Максим Бойко — бывший глава Российского центра приватизации, в том числе отвечавший за ее пропаганду в России. Среди его обязанностей называлось "конструирование официальной российской идеологии и национальной идеи". В августе 1997 года Максима Бойко вернули в экономический блок (в качестве главы Госкомимущества), а заместителем главы администрации после личной просьбы Бориса Ельцина стал генеральный директор агентства "Интерфакс" Михаил Комиссар. После того как в августе 1998 года депутаты не утвердили Виктора Черномырдина премьер-министром России и президент был вынужден внести в Думу новую кандидатуру, в его администрации возник раскол, и в декабре Михаил Комиссар покинул свой пост. Его обязанности должны были разделить заместитель главы АП Джахан Поллыева и первый заместитель главы АП Олег Сысуев, но об их активной работе в этой сфере в СМИ не сообщалось.
В мае 1999 года в Кремле появились сразу два новых замполита: заместителем руководителя Администрации президента стал зампред правления "Газпрома" Сергей Зверев, а помощником главы президентской администрации — выходец из "Альфа-групп" и ОРТ Владислав Сурков. В августе 1999 года последний получил должность господина Зверева и курировал внутреннюю политику до конца 2011 года. При авторе концепции "стабильности" управление президента РФ по вопросам внутренней политики дважды меняло название и пять раз — руководителей. После Андрея Логинова ими были Андрей Попов (дважды), Александр Косопкин, Олег Говорун, Константин Костин.
Вячеслав Володин был назначен первым заместителем руководителя АП РФ в декабре 2011 года, после протестов на Болотной площади (до этого он руководил аппаратом правительства). При нем управление президента РФ по внутренней политике возглавляли Константин Костин, Олег Морозов и Татьяна Воронова, а рейтинг Владимира Путина достиг рекордных значений.