Созданную 18 декабря 1991 года Службу внешней разведки (СВР) России возглавил Евгений Примаков, до этого руководивший Первым главным управлением (ПГУ, внешняя разведка) КГБ СССР. Всю материальную базу, кадры и агентуру СВР унаследовала от ПГУ. При господине Примакове был принят закон РФ «О внешней разведке», регламентирующий ее деятельность. Спецслужба рассекретила ряд архивных материалов и начала выступать с докладами по актуальным проблемам международной политики. Сам Евгений Примаков считался «ястребом» в руководстве РФ в противовес прозападно настроенному главе МИДа Андрею Козыреву.
10 января 1995 года Евгений Примаков был назначен главой МИД РФ и стал первым разведчиком, занявшим этот пост. Место главы СВР занял его первый заместитель Вячеслав Трубников. За время его руководства произошел ряд провалов: в США арестовали экс-сотрудников Агентства национальной безопасности Роберта Липку и Дэвида Буна, работников ФБР Эрла Питтса и ЦРУ Гарольда Николсона. В 1996 году в Канаде задержали нелегалов СВР супругов Дмитрия и Елену Ольшанских.
20 мая 2000 года директором СВР стал Сергей Лебедев, до этого возглавлявший представительство СВР в США. При новом директоре западные СМИ начали выражать обеспокоенность активизацией работы СВР и ростом числа российских разведчиков. Продолжились и провалы: в Соединенных Штатах за шпионаж в пользу РФ были арестованы полковник армии США Джордж Трофимофф и сотрудник ФБР Роберт Ханссен. Кроме того, при господине Лебедеве был раскрыт работавший на спецслужбы США полковник СВР Александр Запорожский.
9 октября 2007 года СВР возглавил бывший премьер-министр РФ Михаил Фрадков. Самым громким провалом за время его руководства стал арест в июне 2010 года в США десяти агентов СВР, долгое время живших в стране (наиболее известна Анна Чапман). Они признали свою вину и по договоренности властей РФ и США были обменены на четырех россиян, осужденных за измену родине. Выдавший их сотрудник СВР Александр Потеев сбежал в США, в России он заочно осужден на 25 лет. 7 июля 2016 года СМИ сообщили о его смерти.