Китайская Республика, ныне располагающаяся на Тайване, образовалась 1 января 1912 года, когда в результате Синьхайской революции пала императорская династия Цинь. К 1928 году республика объединилась под властью партии Гоминьдан, однако из-за ее разногласий с Компартией Китая (КПК) в стране вспыхнула гражданская война, завершившаяся в 1949 году победой КПК и бегством руководства Гоминьдана на Тайвань.
На материковой части страны КПК провозгласила Китайскую Народную Республику (КНР). Китайская Республика со столицей в Тайбэе при этом до 1970-х годов признавалась большинством государств как законная власть всего Китая, до 1971 года ее представитель занимал кресло Китая в ООН. В настоящее время Тайвань признан только 21 государством.
В 1986 году прошли первые контакты между сторонами, когда тайваньский пилот захватил самолет и посадил его в КНР, чем вынудил Тайвань пойти на переговоры по возвращению самолета. В 1987 году на острове было отменено военное положение, жители Тайваня получили право посещать родных на материке.
В 1991 году стороны начали контакты через неправительственные организации — пекинскую Ассоциацию развития отношений через Тайваньский пролив и тайбэйский Фонд обменов через пролив. На одной из встреч в 1992 году стороны поддержали концепцию "одна страна--две системы", но понятие "единый Китай" каждая из сторон интерпретирует по-своему. В 1994 году через организации подписано соглашение об экономических и культурных отношениях, что привело к началу официальных торговых отношений.
В 1998 году глава тайваньского Фонда обменов через пролив впервые посетил КНР, где было подписано соглашение о политическом и экономическом диалоге, но из-за желания Тайваня вести диалог с КНР как "государства с государством" ответный визит не состоялся, а отношения ухудшились.
В 2008 году между Тайванем и КНР впервые за десять лет были подписаны соглашения об экономических связях и туризме, что позволило запустить сеть чартерных авиарейсов. В 2010 году подписано соглашение об экономическом сотрудничестве, упростившее компаниям Тайваня доступ на рынок КНР. Взаимный объем торговли в 2008-2013 годах вырос в полтора раза — до $197,2 млрд.
В феврале 2014 года в Нанкине прошла первая встреча официальных представителей Тайваня и КНР.