15 ноября 2005 года губернатор Санкт-Петербурга Валентина Матвиенко и глава "Газпрома" Алексей Миллер объявили о плане строительства офисного комплекса с 300-метровым небоскребом. Для него был выделен участок в устье реки Охты, где располагается охраняемый законом памятник "Шведская крепость Ниеншанц".
В июле 2006 года архитекторы Санкт-Петербурга в письме губернатору заявили, что небоскреб разрушит облик города. С тех пор против проекта выступали многие общественные деятели, горожане проводили акции протеста и оспаривали проект в судах.
1 декабря 2006 года конкурс на архитектурную концепцию центра выиграл проект с 396-метровой башней британского бюро RMJM London Limited. 16 марта 2007 года он получил название "Охта-центр".
В августе 2007 года ЮНЕСКО пригрозило исключить исторический центр Петербурга из списка объектов всемирного наследия в случае строительства высотки.
В августе 2009 года городской комитет по госконтролю, использованию и охране памятников истории и культуры изменил границы охраняемой территории Ниеншанца, исключив из нее "всю центральную часть". 22 сентября госпожа Матвиенко своим постановлением разрешила возведение небоскреба высотой 403 м, в четыре раза превышающей допустимые параметры. В октябре Росохранкультура выдала заключение о незаконности строительства на территории Ниеншанца.
12 октября 2010 года президент Дмитрий Медведев заявил, что решение о строительстве должно приниматься после завершения всех судебных процессов и консультаций с ЮНЕСКО. В декабре власти города отменили постановления о разрешении строительства с превышением высотных параметров и о сокращении охраняемой площади Ниеншанца. Валентина Матвиенко сообщила о переносе проекта в другое место.
10 марта 2011 года "Газпром" приобрел для проекта участок площадью 14 га в историческом районе Лахта. 13 июля, после общественных слушаний, комиссия по землепользованию и застройке Петербурга одобрила превышение до 500 м предельно допустимой 27-метровой высоты при строительстве "Лахта-центра". 5 августа соответствующее официальное разрешение было подписано городскими властями.